Une intelligence artificielle a servi à développer un type de vaccin « fondamentalement nouveau » contre une sous-famille de coronavirus : le SARS-CoV-1 (responsable de l’épidémie de SRAS en 2002 - 2003), le SARS-CoV-2 (mieux connu sous le nom de Covid-19) et d’autres sarbecovirus présents chez les animaux et susceptibles de franchir la barrière des espèces.

Un antigène conçu par IA

De l’aveu même des chercheurs, les premiers essais humains réalisés auprès de 39 personnes ont retourné des résultats mitigés. Les participants possédaient déjà un niveau élevé d’anticorps en raison de précédentes vaccinations contre le Covid.

Ces niveaux ont peu augmenté ; les auteurs de l’étude, publiée dans le Journal of Infection, reconnaissent que le vaccin pEVAC-PS n’a pas démontré une capacité forte à renforcer l’immunité. Cela n’empêche pas certains de surfer sur cette vague, comme nous allons le voir. Une seconde étude clinique impliquant 200 participants permettra de se faire une meilleure idée des capacités du vaccin.

L’intérêt est ailleurs. Les chercheurs de l’université de Cambridge ont en effet révélé qu’il s’agissait du premier vaccin dont un élément clé a été entièrement conçu par une IA puis testé sur des humains. Le système a analysé les séquences génétiques de nombreux coronavirus pour concevoir un antigène synthétique ciblant leurs caractéristiques communes. L’antigène est l’élément clé du vaccin, c’est la molécule que le système immunitaire apprend à reconnaître pour ensuite neutraliser le virus. Le vaccin est le produit final administré au patient, avec l’antigène.

On ne parle pas d’un grand modèle de langage comparable à GPT. C’est une IA spécialisée qui conçoit un antigène capable d’entraîner le système immunitaire contre les caractéristiques communes à toute cette famille de virus (plutôt que contre une seule souche) en étudiant le patrimoine génétique de coronavirus connus. L’outil utilisé s’appelle DIOSynVax (digitally immune-optimized synthetic vaccine). Il est développé par une spin-out de Cambridge du même nom et utilise le machine learning, la startup n’en dit pas beaucoup plus sur son site.

Les vaccins sont généralement conçus à partir de souches déjà identifiées d’un virus. En analysant des séquences génétiques d’une batterie de coronavirus, l’IA a créé une sorte de « super-antigène » en mesure d’offrir une protection même face à de futures mutations ou à l’émergence d’un coronavirus d’origine animale.

La prudence reste de mise

« Il s’agit de mettre au point des vaccins qui nous protègent non seulement contre les virus d’aujourd’hui, mais aussi contre ceux qui pourraient être à l’origine de la prochaine épidémie ou de la prochaine maladie », explique le professeur Jonathan Heeney interrogé par la BBC. « C’est un changement fondamental dans notre manière de nous préparer aux pandémies ».

L’équipe va mettre son IA à contribution pour développer des vaccins contre la grippe, la grippe aviaire H5N1 et contre les fièvres hémorragiques virales comme Ebola, qui frappe en ce moment la République démocratique du Congo. L’épidémie actuelle a été provoquée par une souche du virus contre laquelle aucun vaccin n’existe. « Ce qui est vraiment intéressant, c’est que cette technologie semble beaucoup plus efficace pour concevoir des vaccins capables d’anticiper de futures pandémies, notamment lorsque les virus mutent rapidement », décrypte Saul Faust, qui a réalisé les essais à l’université de Southampton.

« Les premiers essais cliniques étant encourageants, cette technologie pourrait permettre d’accélérer le développement et la mise à disposition de vaccins au bénéfice des populations du monde entier », s’enthousiasme le ministre britannique des Sciences, Lord Vallance.

Une déclaration aussi optimiste que politique évidemment, alors que les chercheurs se font plus prudents dans leur publication scientifique : le vaccin n’a pas encore démontré sa capacité à offrir une protection large contre l’ensemble des sarbecovirus. Une étude de phase II devra désormais confirmer si l’approche tient ses promesses.