Microsoft s’essaye au stockage des données dans l’ADN

Le cinquième élément

Le 30 avril 2016 à 13h00

4 min

Sciences et espace

Sciences

Microsoft a décidé de se tourner vers le stockage des données dans des brins d’ADN synthétiques. La technique n’est en soi pas nouvelle, mais la firme s’intéresse de très près à un stockage pérenne des données. Encore faut-il que le coût autorise une exploitation à large échelle.

L’avènement du cloud a provoqué une explosion du centre de données. D’immenses bâtiments renfermant des milliers de serveurs entièrement dédiés au stockage et au traitement de nos données. Outre les inévitables questions de puissance, refroidissement, consommation et sécurité qui se posent, celle du stockage même reste cruciale.

Microsoft s’intéresse notamment à la pérennité des données, c’est-à-dire la capacité à leur faire conserver leur intégrité. Elle se chiffre globalement en années aujourd’hui, de nombreux contrôles permettant de savoir quand des pièces doivent être changées (surtout des disques durs). Mais si l’avenir permettait d’établir des échelles en décennies, voire en siècles ?

Un milliard de téraoctets

C’est précisément ce qu’aimerait la firme, qui a commandé auprès de l’entreprise californienne Twist Bioscience dix millions de brins d’ADN synthétiques « personnalisés ». Microsoft ne possède pas elle-même la technologie pour stocker des informations dans la précieuse molécule : les informations sont envoyées à Twist, qui se charge de les transcrire sous forme de paires de bases azotées (adénine, cytosine, guanine et thymine), reconstituant la structure bicaténaire hélicoïdale que tout le monde connaît.

Pourquoi cet intérêt pour l’ADN ? Parce que cette molécule, que l’on trouve dans tous les cellules du vivant, permet une densité de stockage dont on ne peut pour l’instant que rêver. Un seul gramme d’ADN peut ainsi stocker en théorie jusqu’à environ un milliard de téraoctets. Cet acide nucléique bénéfice également d’une excellente résistance au temps, puisque l’on est capable de séquencer des brins vieux de plusieurs milliers d’années.

La technologie fonctionne, mais...

Les premiers essais de Microsoft avec Twist se sont apparemment bien passés, si l’on en croit un communiqué de la startup californienne. La totalité des informations a pu être codée dans l’ADN puis lue ensuite, sans problèmes particuliers. Mais comme l’indique le chercheur Doug Carmean de chez Microsoft, il faudra encore plusieurs années avant que ces opérations puissent être viables économiquement.

La fabrique des brins synthétiques est une opération nettement mieux maitrisée aujourd'hui qu’elle ne l’était il y a encore quelques années. Elle se fait surtout aussi à un coût plus raisonnable. Mais stocker l’information n’est qu’une partie du problème : il faut pouvoir la lire. L’opération requiert donc un séquençage de tout l’ADN. Une opération dont le coût s’est complètement effondré, mais n’est pas nul. À titre de comparaison, le séquençage du génome humain avait coûté environ 3 milliards de dollars (fini en 2003 après plus de dix ans), mais ne réclamerait aujourd’hui que 1 000 dollars.

Une technologie de stockage qui n’est encore à considérer qu’à ses balbutiements. Elle pourrait se révéler cependant particulièrement précieuse à l’avenir, par exemple pour des informations qui doivent impérativement être sauvegardées de manière certaine, sans pour autant nécessiter de fréquents accès.

Commentaires (81)

odoc

Le 02/05/2016 à 11h11

ok, pas de problème " />

" />

L_homme_Goujon

Le 02/05/2016 à 11h17

Fascinant  ;)

Par contre j’ai rien pigé au ³⁄₄ des commentaires " />

cassoulet

Le 02/05/2016 à 11h20

Les rayonnements ne provoquent pas de mutations génétiques sur de l’ADN dans un tube en solution. Dans un organisme vivant, les rayonnements provoquent des altérations/changements de structures qui entrainent des mutations lors du processus de réplication. Un ADN en solution dans un tube ne se réplique pas.

OlivierJ Abonné

Le 02/05/2016 à 11h24

cassoulet a écrit :

Les rayonnements ne provoquent pas de mutations génétiques sur de l’ADN dans un tube en solution. Dans un organisme vivant, les rayonnements provoquent des altérations/changements de structures qui entrainent des mutations lors du processus de réplication. Un ADN en solution dans un tube ne se réplique pas.

Je suis très dubitatif sur ta première phrase. Rien que le UV provoquent des changements sur des matières inertes, et bien sûr peuvent provoquer des modifications sur l’ADN (qui sont souvent réparées sur nos cellules mais pas toujours).

cassoulet

Le 02/05/2016 à 11h56

Pour rester simple les UV créent des réactions qui, au final, aboutissent à la création de liaisons chimiques “fortes” (type dimérisation des thymines) qui vont empêcher le bon déroulement des brins lors de la réplication et entrainer soit la mort cellulaire soit le démarrage de certains “mécanismes de réparation d’urgence” qui permettront la réplication mais entraineront des erreurs aléatoires grosso modo dans la zone du dimère, à l’issue de la réplication.

Pas de réplication, pas de mutation. Si tu as deux thymines (le T de ATGC) voisines, meme si elles dimérisent il y aura au final deux thymines voisines dans le tube. Par contre, dans un organisme vivant, le dimère va mettre le boxon lors de la réplication dans cette zone et il est possible que le “trou” soit bouché par d’autres bases, et donc qu’il y ait des mutations.

TexMex

Le 03/05/2016 à 09h11

Faisons de la SF.

Et si en encodant de la donnée médicale dans un brun d’ADN (donc un SMB ; support mémoriel biochimique) pour documenter, un tout petit truc foire et on se retrouve avec un virus (ou vecteur) archi puissant, archi rapide a transmettre et létal en 48h. Le tout transporté par un mec qui ignore tout du contenu de la boite…

 

Autre usage.

-“Hey salut je t’ai ramené des films… en pilule… ”

 -“whoeu nan pas des tipiak j’ai eu la gerbe la dernière fois”

-“Nan mais c’est du bon la, original remasterisé, directors cut”.

(toute ressemblance avec un échange de molécule chimique récréative entre deux individus peu recommandable est complètement fortuite)

Ou encore:

-“Bon jeanjean maintenant tu apprend ta leçon, prend ton sirop de math et on en parle plus!”

-“Méheu papa ce sirop, il est dégueulasse, en plus c’est nul les maths, Et puis c’est thibaud…”

Bam,

“on ne montre pas du doigt, ha tu vas voir que j’en ai encore sous le coude. Aller hop piqure encyclopédique, ce soir.”

 

Bref on peu broder longtemps la dessus.

 

 

Tarvos

Le 04/05/2016 à 20h43

Arcy a écrit :

Je m’offusque en lisant ton commentaire !

Le programmateur, c’est le truc qu’on trouve sur la machine à laver/lave-vaisselle.

Le synonyme de développeur/développement, c’est programmeur/programmation.

Désolé pour ce commentaire tardif, mais t’as pas remarqué : les   « les trucs a la cons entre guillemets» pourir

:)

 

 

Alex14

Le 30/04/2016 à 17h28

“puisque l’on est capable de séquencer des brins vieux de plusieurs milliers d’années.”  Plutot faux. La demi vie de l’ADN étant ~500ans, il ne reste plus d’information intact facilement accessible apres plusieurs milliers d annees

Alex14

Le 30/04/2016 à 17h34

“mais ne réclamerait aujourd’hui que 1 000 dollars” Plutôt faux aussi. All inclusive (prep des échantillons, séquençage, assemblage complet, stockage des données…) c’est au moins 10 fois plus sans compter qu’on a en pratique pas encore sequence la totalité  du genome humain 

odoc

Le 30/04/2016 à 17h45

Oui et non, un run complet est > 1000, mais si on ramener à la taille du séquençage on y arrive.

Genre un Miseq c’est 6-7000€ le run (banque comprise), pour 25 milliards de base, soit 7 génomes. Meme si ici je simplifie (en gros on doit lire 2 ou 3 fois les séquençages avant d’être sur de pouvoir le décoder).

Si je dis pas de connerie le séquençage complet a quand meme était réussi, il a fallut un peu plus de temps.

Même si j’ai un doute sur les séquences répétées.

odoc

Le 30/04/2016 à 17h48

Par contre à noter que c’est dans le cas d’un individu mort. L’ADN conservée dans un congélo est probablement virtuellement “immortel”

Z-os Abonné

Le 30/04/2016 à 18h14

taralafifi a écrit :

Pas mal pour faire de la dématérialisation de documents. Si l’ADN peut remplacer le papier à terme, ça serait top.

Tu sous-estimes largement les capacités d’innovation législatives des dirigeants français " />

tazvld Abonné

Le 30/04/2016 à 18h33

odoc a écrit :

dans un tube à -80°C, aucun risque ^^

Bon, reste que la lecture est réaliser par un dyslexique (on peut compter sur du 5% d’erreur, même si c’est variable). Pareil, les polymérases, ça fait aussi des fautes en recopiant (TAC polymérase : ¹⁄₁ 000 000 000), ça reste très faible, mais si il y en a 1 à la premier copie, tu risque d’avoir plus de copie avec cette erreur que sans.

Du coup, j’imagine qu’il y a un système de corrections des erreurs (genre des bits de parité mais en plus hardcore)

taralafifi a écrit :

Pas mal pour faire de la dématérialisation de documents. Si l’ADN peut remplacer le papier à terme, ça serait top.

Définitivement non. Pour l’instant, la lecture pose énormément de problème, c’est long, c’est chiant, c’est très difficile. Il faut plutôt voir ça comme un système de stockage de sauvegarde à long terme. C’est en effet très fiables à long terme car l’ADN est très stable (à -80°C, c’est stockable sur des siècles voir plus) et fortement redondant (en faite, il faut voir des milliers voir des millions de copies d’un même livre : même tous fortement abimés, tu peux quand même en les fusionnant retrouver un livre complet) et il est possible de stoker sans problème 3Go dans 50µl.

Konrad a écrit :

Bientôt des êtres vivants qui auront le code de Windows dans leur ADN ? " />

Des programmes informatiques capables de s’auto-répliquer ? " />

Monsanto aimerait qu’on arrêter de pirater son blé.

Alex14

Le 30/04/2016 à 18h42

Tu oublies  plusieurs  “detail” dans ton calcul “8 lanes de myseq ~ 7 genomes”: 8 lanes représentent théoriquement 8X de couverture d’un seul genome humain ce qui n’est pas grand chose… si tu arrives a developer un algo capable d assembler de facon fiable un genome humain complet avec 8X de couverture de sequences de 250pb, tu risques de decrocher le prochain prix Nobel de medecine ;) (meme Eichler qui a les moyens de sequencer a 50-100X un genome en pacbio est loin d’avoir le genome complet assemble, alors en myseq…). Donc non, on a toujours pas 100% du genome humain et voir Illumina & co balancer des communiques de press depuis plusieurs annees pour parler d un hypothetique genome a 1k$ ca me fait bien rire…

 

Pour la conservation, ton idée ne fonctionne pas vraiment non plus (cf la derniere tentative de sequencage du mamouth si tu veux t en convaincre). La seul alternative “viable” est de conserver l’info in vivo (dans des bacteries, levures…)

ludo0851

Le 30/04/2016 à 18h59

A priori, tant qu’il y aura des hommes pour chercher à lire les données, il y aura de l’adn et des appareils pour séquencer.

Sinon comme adn=infos, dans qq années, un type qui se br*nle sera-t-il comme considéré comme un lanceur d’alerte?

Céd

Le 30/04/2016 à 19h22

On ne peut pas vraiment parler de base 4 même s’il a 4 acides aminés, puisque ce sont toujours les deux mêmes qui sont ensemble: adénine et thymine, cytosine et guanine.  

Du coup, on est plutôt en base 2. Et puisque la majorité des systèmes de stockage sont en base 2, je ne vois pas en quoi cela est un problème.

odoc

Le 30/04/2016 à 19h29

tazvld a écrit :

Bon, reste que la lecture est réaliser par un dyslexique (on peut compter sur du 5% d’erreur, même si c’est variable). Pareil, les polymérases, ça fait aussi des fautes en recopiant (TAC polymérase : ¹⁄₁ 000 000 000), ça reste très faible, mais si il y en a 1 à la premier copie, tu risque d’avoir plus de copie avec cette erreur que sans.

Du coup, j’imagine qu’il y a un système de corrections des erreurs (genre des bits de parité mais en plus hardcore)

De mémoire (faudrait vérifier le papier), ils ont éffectivement mis en place un système de correction d’erreur.

PS : la TAQ c’est presque la moins fidèle, celle que j’ai au labo est déjà 50X plus fidèle

odoc

Le 30/04/2016 à 19h36

Alex14 a écrit :

Tu oublies plusieurs ”detail” dans ton calcul “8 lanes de myseq ~ 7 genomes”: 8 lanes représentent théoriquement 8X de couverture d’un seul genome humain ce qui n’est pas grand chose… si tu arrives a developer un algo capable d assembler de facon fiable un genome humain complet avec 8X de couverture de sequences de 250pb, tu risques de decrocher le prochain prix Nobel de medecine ;) (meme Eichler qui a les moyens de sequencer a 50-100X un genome en pacbio est loin d’avoir le genome complet assemble, alors en myseq…). Donc non, on a toujours pas 100% du genome humain et voir Illumina & co balancer des communiques de press depuis plusieurs annees pour parler d un hypothetique genome a 1k$ ca me fait bien rire…

Pas dit le contraire (j’ai bien indiqué que je simplifiais la démo). Mais dans le cas ici présent, l’idée c’est pas de séquencer un génome mais une info. Logiquement il faudrait faire en sorte que cette info soit dans des petits fragments d’ADN (de toute facon on ne sait pas synthétiser de grand fragment d’ADN). Donc des reads de 250pb devrait suffire sans forcement devoir faire 10 couvertures.

Alex14 a écrit :

Pour la conservation, ton idée ne fonctionne pas vraiment non plus (cf la derniere tentative de sequencage du mamouth si tu veux t en convaincre). La seul alternative “viable” est de conserver l’info in vivo (dans des bacteries, levures…)

-80°C dans un tube ou -80°C dans des cellules (voir dans l’azote) tu n’aura pas de différence. L’exemple que tu cites ce n’est pas dans un environnement contrôlé (un mammouth congelé dans un sous sol ça ne reste pas figer en permanence).

Ensuite si tu parles de conservé dans des cellules en culture, là c’est pire car y a des risques de mutations sur le très long terme.

odoc

Le 30/04/2016 à 19h38

Céd a écrit :

On ne peut pas vraiment parler de base 4 même s’il a 4 acides aminés nucléotides, puisque ce sont toujours les deux mêmes qui sont ensemble: adénine et thymine, cytosine et guanine.

Du coup, on est plutôt en base 2. Et puisque la majorité des systèmes de stockage sont en base 2, je ne vois pas en quoi cela est un problème.

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Les nucléotides vont par deux quand on prends en comptes les 2 brins d’ADN. tu peux très bien avoir une séquence tu type AATCGGA (l’autre brin sera dont TTAGCCT). Mais ça reste 4 bases donc on a une base 4 ^^

(en “vrai” c’est une base 3 en fait : 3 nucléotides “=” un acide aminé)

choukky

Le 30/04/2016 à 19h45

Voxran a écrit :

Je sens venir le port USB (ou n’importe quel standard du futur) au bout du doigt pour que l’on soit notre propre espace de stockage… Plus de problèmes de pertes de clés usb ! " />

" /> Trop risqué sur le bout du doigt. L’anus ferait un endroit plus sûr de par sa fonction de “capuchon”. " />

tazvld Abonné

Le 30/04/2016 à 20h18

Alex14 a écrit :

Tu oublies plusieurs ”detail” dans ton calcul “8 lanes de myseq ~ 7 genomes”: 8 lanes représentent théoriquement 8X de couverture d’un seul genome humain ce qui n’est pas grand chose… si tu arrives a developer un algo capable d assembler de facon fiable un genome humain complet avec 8X de couverture de sequences de 250pb, tu risques de decrocher le prochain prix Nobel de medecine ;) (meme Eichler qui a les moyens de sequencer a 50-100X un genome en pacbio est loin d’avoir le genome complet assemble, alors en myseq…). Donc non, on a toujours pas 100% du genome humain et voir Illumina & co balancer des communiques de press depuis plusieurs annees pour parler d un hypothetique genome a 1k$ ca me fait bien rire…

Pour la conservation, ton idée ne fonctionne pas vraiment non plus (cf la derniere tentative de sequencage du mamouth si tu veux t en convaincre). La seul alternative “viable” est de conserver l’info in vivo (dans des bacteries, levures…)

Odoc t’a répondu, mais je valide : -80°C bien conservé, dans un milieu sans DNAse out tout autres enzymes capable de dégradé ton ADN (un produit de PCR brut ou tu peux toujours faire une purification), c’est très stable, je dirais plusieurs siècles sans aucun soucis, quelques millénaires sans vraiment de gros dégats. Et même là, j’imagine que l’on conserve des milliers voir des millions de copie, ça permet quand même avec assemblage de récupérer la données (voir Deinococcus radiodurans, une bactérie du genre dure à cuire, qui est un assembleur naturel grace à ses mécanismes de réparation de son ADN).

Dans un culture, effectivement, il faut bien se rendre compte que ton bout d’ADN, pour la bactérie, c’est une perte d’énergie brut à répliquer, à entretenir… Les mutations peuvent s’y accumuler sans aucun soucis pour sa survie. Tout ça fait qu’il y a de grande chance qu’elles vont finir par s’en débarrasser. Mais tu te rends bien compte qu’il n’y a aucun mécanisme qui permet de garder une pression contre les mutations, du coup, t’es sûr que les mutations vont s’accumuler.

Justement, j’avais entendu parler que des mutations avait été observées sur des bactéries transformées (pour du séquençage à l’ancienne) et que ces mutations tendaient à retrouver le %GC du génome. Voir même,sur des gènes étrangers, c’était carrément l’adaptation des triplet pour correspondre au plus prêt des triplets qu’elle utilise elle.

ludo0851 a écrit :

A priori, tant qu’il y aura des hommes pour chercher à lire les données, il y aura de l’adn et des appareils pour séquencer.

Sinon comme adn=infos, dans qq années, un type qui se br*nle sera-t-il comme considéré comme un lanceur d’alerte?

Oui et non : il nous a fallut la pierre de rosette pour lire les hiéroglyphes. Tu peux très bien avoir la donné de lisible, mais si tu n’as pas le mode d’emploi pour la décrypter, ça ne te sert à rien.

Non, tu laisses juste des données personnelles un peu partout. (ça pourrait intéresser Google ou Facebook)

odoc a écrit :

De mémoire (faudrait vérifier le papier), ils ont éffectivement mis en place un système de correction d’erreur.

PS : la TAQ c’est presque la moins fidèle, celle que j’ai au labo est déjà 50X plus fidèle

J’imagine, oui. Je pense que le fait que ce soit des brins synthétiques permet de s’affranchir de problème lié au séquençage de génome : taille connu des brins qui soit adapté au séquenceur (par exemple taille d’exactement 1 read), un système d’identification et de corrections des erreurs dans les séquences(pour les erreurs de séquençage mais aussi de réplication, mutation ponctuel. Je crois que les systèmes de fichiers intègre déjà ce genre de truc). Effectivement, du coup, je pense qu’une couverture de séquençage plus petite peut être ainsi acceptable.

A oui, TAQ, j’ai oublié de corriger. Je l’ai pris car c’est historiquement la plus connu. Mais effectivement, aujourd’hui on en a de bien meilleur. Chacun ses exemples simplifiés !

odoc

Le 30/04/2016 à 20h47

tazvld a écrit :

A oui, TAQ, j’ai oublié de corriger. Je l’ai pris car c’est historiquement la plus connu. Mais effectivement, aujourd’hui on en a de bien meilleur. Chacun ses exemples simplifiés !

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Céd

Le 30/04/2016 à 21h12

Ah oui c’est pas faux… Je n’avais pas réfléchi à la technique utilisée, je croyais qu’ils lisaient les brin d’ADN deux à deux (comme on se les représente toujours) et qu’ils se contentaient de lire les paires. C’est pourquoi je croyais que ce n’était qu’en base 2. Mais s’ils ne codent qu’un brin et qu’ils ne lisent qu’un brin, c’est bien en base 4.  

Je croyais ça car pour être stable il faut 2 brins, mais il est possible de juste créer l’autre brin pour la stabilité…

anonyme_92fcfbdd6cc3f0397af3a985adab6b1b

Le 01/05/2016 à 17h48

Question: l’adn est-il réinscriptible?

anonyme_751eb151a3e6ce065481d43bf0d18298

Le 01/05/2016 à 18h32

Si l’ADN est soumis à la copie privée, ce sont les ayants-droits qui vont être contents " />

tazvld Abonné

Le 01/05/2016 à 18h36

gokudomatic a écrit :

Question: l’adn est-il réinscriptible?

Difficilement. Très difficilement. C’est pas vraiment fait pour. La nature a plus privilégier les êtres capables de conserver leur génomes intactes que les êtres qui faisait n’importe quoi avec. Les mécanismes de modification du génomes sont donc particulièrement rare à l’état naturel, et on est donc obliger de détourner des outils existant, souvent des DNase (des enzymes capable d’attaquer l’ADN) qui sont capable de cibler avec plus ou moins de précisions.

Des opération de copier et de coller sont possibles, mais c’est très dur. Justement, j’ai mis une vidéo sur les CRISPR et Cas9 qui montre comme avec de l’ingénierie de haut niveau, on arrive à insérer un bout d’ADN dans le génome (on est ainsi capable de réécrire le génome de quelqu’un).

Dans l’action de “couper”, je pense au mécanisme de recombinaison V(D)J chez les cellules de l’immunité acquise : Ces cellules vont modifier en supprimant des bout de leur génome (sisi, directement dans leur génome, dans l’ADN des chromosomes. En faite c’est acceptable car au final, ces cellules et leur génome dégénéré mourront avec toi) au niveau du gène codant pour les anticorps de manière aléatoire pour former des combinaisons uniques. Tout ce qu’on leur demande, c’est que les anticorps ainsi produit ne s’attaque pas aux cellules du soi (a nous). Ainsi par hasard tu produits des cellules immunitaire capable de reconnaître un des virus de la grippe, un autre va reconnaître celui de la poliomyélite ou du tétanos…. Mais bon, ton gamin n’héritera pas de tes vaccins et c’est à lui de produire aussi par hasard ses cellules immunitaires.

Mais bon, je pense qu’à l’heure actuel, tu as plus vite fait de tout réécrire que de t’amuser à faire des modifications. C’est bien trop aléatoire.

L’ADN, il faut plus le voir comme un bon CD-R avec une énorme capacité de stockage pour un volume limité une durée de vie qui est bien plus grande que celui ci, voir même du papier (bon, à -80°C, donc pas dans ton cogélo entre le rôtis et les esquimaux), mais avec une écriture et une lecture encore un peu chiantes.

Darnel

Le 01/05/2016 à 18h45

Génial, M$ va provoquer des aberrations génétiques en stockant cookies et autres données personnelles de “ciblage marketeux” dans le code génétique des gens pour mettre en place la publicité universelle…

tazvld Abonné

Le 01/05/2016 à 18h55

Bon, alors, 1 cellule humaine, c’est 3.4milliard de paires de base, soit 0.85Go/cellule. Tu as environs 100 000 milliards de cellules humaines… ça te fait un stockage de base d’environs 85 000 000 000 000 Go (85 zettaOctet). Bon, mais tu copies pour remplacer tes cellules morte, j’ai trouvé un nombre de 2000 cellules/seconde… pfffui, ça fait du 1700Go/s monsieur, 146,88 pétaOctets par jour et 4,406 exaOctets par mois.

Bon, Nous avons oublier les 1 000 000 000 milliards de bactéries de ton microbiote soit 10 fois plus que tes propres cellules (presque 1.5kg de bactéries rien que dans ton intestin). Tu vas raquer mon petits, je peux te l’assurer…

TheDarkFlooder

Le 01/05/2016 à 20h01

Je vais tout stocker dans mon chat !!!!

sat57

Le 02/05/2016 à 05h51

Soit on tient enfin le script d’une nouvelle série avec un mix de blindspot et de prison break. Il a été enfermé en prison,il ne se souvient de rien mais tous ses souvenirs se trouvent dans son ADN avec un mélange de complots et d’extraterrestres.

Sinon,ça me fait penser que nos prochains antivirus,on les connait déjà doliprane et rin advil. Je sors.

bobo38

Le 02/05/2016 à 06h59

bien vu !

anonyme_92fcfbdd6cc3f0397af3a985adab6b1b

Le 02/05/2016 à 07h03

Merci pour ton explication. Ca confirme bien ce que je pensais. Tous ceux qui s’amusent à se faire peur qu’on devienne des supports de données en réécrivant notre adn se fourvoient complètement. De toutes façons, avoir un adn étranger dans des cellules vivantes de notre corps sera soit éliminé rapidement, soit (mais improbable) deviendra une sorte de cancer.

anonyme_751eb151a3e6ce065481d43bf0d18298

Le 02/05/2016 à 07h53

tazvld a écrit :

Bon, alors, 1 cellule humaine, c’est 3.4milliard de paires de base, soit 0.85Go/cellule. Tu as environs 100 000 milliards de cellules humaines… ça te fait un stockage de base d’environs 85 000 000 000 000 Go (85 zettaOctet). Bon, mais tu copies pour remplacer tes cellules morte, j’ai trouvé un nombre de 2000 cellules/seconde… pfffui, ça fait du 1700Go/s monsieur, 146,88 pétaOctets par jour et 4,406 exaOctets par mois.

Bon, Nous avons oublier les 1 000 000 000 milliards de bactéries de ton microbiote soit 10 fois plus que tes propres cellules (presque 1.5kg de bactéries rien que dans ton intestin). Tu vas raquer mon petits, je peux te l’assurer…

Je me sers de mon corps pour un usage professionnel, sauf que même en avançant l’argent, ça va pas le faire " />

Va vraiment falloir mettre en place l’exemption pour les pros, du coup, ce sont les RSAistes et les chômeurs qui vont raquer " />

tazvld Abonné

Le 02/05/2016 à 08h18

Il y a bien la technique toute nouvelle de Cas9 (vidéo de CRISPR) qui permet de modifier ponctuellement le code de nos cellules et c’est à l’heure actuel la voie la plus prometteuse pour faire de la thérapie génique (soigné des maladies génétiques en corrigeant le génome). Mais là encore, pas de quoi s’affoler pour l’instant, il ne faut pas s’attendre à corriger une terachier de nucléotide. Je n’ai pas regardé dans le détail, mais la taille des inserts reste très certainement relativement petite quelque chose de l’ordre de 100 ou 1000 paires de base.

Mais surtout, ce genre de méthode est vraiment aléatoire. Tu ne peux pas t’assurer à 100% que toutes les cellules ont était corrigé. En faite, comme toutes manipulations avec l’ADN, la réussite est plutôt exceptionnelle. Dans les labo, lorsque l’on doit créer un organisme génétiquement modifié pour les manip (classiquement on veut par exemple avoir accès sur un switch On/Off d’un gène pour savoir ce qu’il fait. Les OGM, c’est pas uniquement des semences de Monsanto, c’est surtout, et avant tout, des outils de laboratoire), c’est simple, on part généralement de plein de cellules individuelles, on ajoute notre modification accoler à quelque chose qui nous permettra de sélectionner les cellules qui ont réussi à intégrer cette construction (gène de résistance au antibiotique par exemple). Ainsi, si on part de milliers de cellules mais que seulement une 100aine intègre bien notre construction, il suffit d’élimer les autres en les faisant pousser sur un milieu bourré d’antibiotique.

ActionFighter a écrit :

Je me sers de mon corps pour un usage professionnel, sauf que même en avançant l’argent, ça va pas le faire " />

Va vraiment falloir mettre en place l’exemption pour les pros, du coup, ce sont les RSAistes et les chômeurs qui vont raquer " />

Surtout, je viens de me rendre compte que j’ai fait une erreur : 3.4 milliard de paires de base c’est par “bras” d’un seul chromosome. Tu as 1 paires de chaque chromosomes dans chaque cellule (sauf les spermatozoïdes et les ovules) et selon la phase du cycle cellulaire, chaque chromosome peut avoir 1 (phase G1) ou 2 “bras” (phase G2).

Donc il faut multiplier tout par 2 à 4.

Mais sinon, tu peux avoir une petite réduction “mâle” alias “possesseur d’un chromosome X dégénéré”. Tu peux je pense aussi demander une autre réduction sur la copie privé, car tu ne peux pas donner une copie de ton ADN mitochondriale à tes enfants (en plus de donner une fois sur deux une copie de ton chromosome X dégénéré). Ha, et selon où tu en es avec tes voyage au Brésil, tu peux aussi retirer la redevance sur la flore vaginale.

cassoulet

Le 02/05/2016 à 08h43

Synthèse d’oligonucléotides sur support solide. La technique est connue et maitrisée, tu synthétises chimiquement la séquence que tu veux, comme si tu la tapais à la machine. Mais ca ne peut synthétiser que des brins courts pour l’instant.

 

OlivierJ Abonné

Le 02/05/2016 à 10h02

Vachalay a écrit :

Et quid des mutations (sensibilité aux radiations par exemple) ?

odoc a écrit :

dans un tube à -80°C, aucun risque ^^

Je ne crois pas que le froid change l’impact d’un rayonnement ionisant sur une molécule.

odoc

Le 02/05/2016 à 10h11

Faut tout lire -> dans un tube (protège d’un certain nombre de rayonnement), et à -80°C donc dans un frigo -> protège de tout le reste …

OlivierJ Abonné

Le 02/05/2016 à 10h48

odoc a écrit :

Faut tout lire -> dans un tube (protège d’un certain nombre de rayonnement), et à -80°C donc dans un frigo -> protège de tout le reste …

Ah ben oui, si tu protèges l’ADN des rayonnements, forcément le problème disparaît.

Ta phrase pouvait laisser croire que le froid suffisait.

odoc

Le 30/04/2016 à 14h24

tnetennba a écrit :

Faut juste se souvenir que l’ADN est une molécule. Comme le CO2, sauf qu’elle est beaucoup beaucoup plus grosse. Dans un cas comme dans l’autre, on la retrouve dans les êtres vivants, mais ça ne signifie pas que son existence est restreinte au vivant (certes on ne la trouve pas à l’état « naturel » en dehors du vivant, mais je suppose que Twist a trouvé un moyen de la synthétiser).

Quant à l’aspect code, c’est à nous de décider. Dans nos cellules nous avons des ARN polymérases qui transcrivent l’ADN en ARN (je ne suis pas biologiste donc je ne te ferai pas un cours plus en détails, tu regarderas sur wikipédia), mais rien ne nous interdit d’avoir nos propres transcripteurs.

Tout comme le rhyming slang reprend des mots anglais pour leur donner une signification complètement différente, nous sommes libres de choisir comment coder et décoder des chaînes de bits en chaîne de nucléotides ;)

En fait, l’ADN peut se répliquer dans une cellule (via les ADN polymérase), c’est ce qu’on fait tout les jours en modifiant des bactéries avec de l’DN d’intéret (genre l’ADN qui permet la synthèse de l’insuline par exemple, c’est ce qu’on appelle un OGM :) ). Une fois modifiées, les bactéries ont se charger de multiplier et de garder intact l’ADN en question.

Après l’ADN est si stable qu’on peut la garder dans un tube à -80°C pendant des centaines d’années, voir plus.

Concernant le degré de compactions de l’ADN, pour vous donner une idée, on a 1m (oui 1 mètre) d’ADN dans chaque de nos cellules en temps normale (2m lorsqu’elles se divisent). 7zip est battu ^^

odoc

Le 30/04/2016 à 14h27

Toru a écrit :

Captain here (Tech de cytogénétique ;) !

L’ADN est une protéine qui peut être synthétisée dans un milieu approprié (tampon stringent), l’évolution aidant, cette protéine est particulièrement stable, elle l’est d’autant plus quand on la congèle dans un milieu parfaitement maîtrisée.

C’est une protéine qui a pour particularité de contenir de l’information, mais ça reste biochimiquement parlant une protéine comme une autre.

La dégradation de l’ADN suit des processus connus, et on est capable de restituer de l’information à partir d’ADN dénaturé.

Il ne faut pas confondre l’ADN et toute la machinerie cellulaire qui l’entretient, ça c’est plus compliqué, faisable mais compliqué.

Avant que je fasse une attaque : l’ADN n’est pas une protéine mais un acide (Acide DésoxyriboNucléique). Chimiquement c’est un sucre (ribose) avec un -OH en moins (désoxyribose), une base (ATCG, AUCG pour l’ARN) et un acide phosphorique.

Une protéine, c’est un assaemblage d’acide aminé (NH-CRH-COOH), R étant différent pour chaque acide aminé.

mais en gros c’est ça : l’ADN est une molécule extrêmement stable (alors on ne sait pas la réparer mais les bactéries ou autre organisme si) d’où l’idée de l’utiliser comme stockage

odoc

Le 30/04/2016 à 14h35

Si ça vous intéresse l’un des premiers articles sur le sujet :

http://www.nature.com/nature/journal/v494/n7435/full/nature11875.html

avec une jolie image ici :

Ars Technica

odoc

Le 30/04/2016 à 14h44

Bball a écrit :

Je me demande comment ca marche. L’ADN n’existe que dans une cellule, c’est bien ca?

Si c’est le cas, l’ADN n’est pas le code qui permet de définir comment fonctionne/vit une cellule, ses fonctions, sa duplication, sa durée de vie?

Si l’on prend le cas des êtres vivants sur cette planete, des cellules meurent et se font remplacer en permanence. Donc comment feront nous pour stocker dans le temps ces cellules?

On peut intégrer un ADN dans une cellule vivante (le plus souvent en labo c’sert dans une bactérie) sans que cet ADN ne fasse quoi que ce soit. Il faut imaginé que pour avoir une protéine à partir de l’ADN, il existe un certain nombre de tag qui vont dire à la cellule : traduit ca en ARN, puis traduit en protéine.

Si on ne met pas ces tag, on a juste un ADN, et si on met le tag qui dit à la cellule “fait des copier/coller de tout ça”, bah on va avoir un système dans lequel l’ADN est simplement répliqué, maintenu et transmis aux prochaines générations de cellules.

Ensuite on peut aussi simplement construire l’ADN, l’amplifier dans une cellule, le récupérer et le stocker.

Le gros problème en fait c’est la lecture : un séquenceur, c’est en gros 200000€, une expérience de séquençage (qui va lire en gros l’équivalent de 10 génomes humains), c’est entre 3 et 7000€. Le temps de traitement bioinfo derrière : 1 semaine (au mieux, parfois 6 mois).

Bref c’est pas pour demain le baladeur mp3 ^^

knos

Le 30/04/2016 à 14h49

odoc a écrit :

Bref c’est pas pour demain le baladeur mp3 ^^

Non mais pour archiver l’ensemble du web a un instant T ça pourrait le faire.

odoc

Le 30/04/2016 à 14h56

knos a écrit :

Non mais pour archiver l’ensemble du web a un instant T ça pourrait le faire.

Oui mais ce qui est important pour le stockage longue durée c’est :

est-ce que les appareils permettant de lire l’info existe toujours

est-ce que l’on sait toujours décoder l’info ?

Pas sur que ce soit le plus adapté (je pense qu’on saura toujours lire l’info génétique mais pas sur que l’algo soit toujours dispo). Mais rien n’empêche de poursuivre les recherches dessus ^^

tazvld Abonné

Le 30/04/2016 à 15h12

Il faut tout de même se rendre compte du problème des séquenceurs :

Ils ne savent pas lire en continue de long texte. On leur fait donc lire des “extraits” (des read) un peu au pif. Ils lisent dans les 2 sens. Et enfin, ils font souvent des fautes de lectures. Imaginez vous que vous avec une tête de lecture un peu naze qui essaie de lire un disque dur pendant qu’un DJ fait du scratch avec et on te demande de reconstituer le disque dur.

Sinon, pour les nouveaux séquenceur regardez la machine actuelle alors qu’il y a encore quelques années, celle-ci n’en faisait pas autant (c’est le genre de machine qui a été utilisé pour séquencer le génome humain)

Bball a écrit :

Je me demande comment ca marche. L’ADN n’existe que dans une cellule, c’est bien ca?

Si c’est le cas, l’ADN n’est pas le code qui permet de définir comment fonctionne/vit une cellule, ses fonctions, sa duplication, sa durée de vie?

Si l’on prend le cas des êtres vivants sur cette planete, des cellules meurent et se font remplacer en permanence. Donc comment feront nous pour stocker dans le temps ces cellules?

L’ADN, c’est quelque chose que l’on commence à assez bien maîtriser et tout particulièrement on est capable de le dupliquer assez facilement. On a pas vraiment besoin d’une cellule pour conserver de l’ADN. Ca se conservent en plus assez bien dans les congelo (-80°C).

Et si tu veux vraiment passer par des cellules, tu peux toujours utiliser les vieilles techniques qui passent par des transformations de bactéries ou de levures comme hôte pour un brin d’ADN.

tazvld Abonné

Le 30/04/2016 à 15h29

Toru a écrit :

Captain here (Tech de cytogénétique ;) !

L’ADN est une protéine qui peut être synthétisée dans un milieu approprié (tampon stringent), l’évolution aidant, cette protéine est particulièrement stable, elle l’est d’autant plus quand on la congèle dans un milieu parfaitement maîtrisée.[…]

NOON!!! Mais mec ! merde ! tu viens de perdre toutes crédibilités au 4ième mot !

L’ADN, c’est de l’ADN, et fait partie des acide nucléique comme l’ARN et sont un polymère linéaire (une chaîne sans embranchement) de nucléotides.

Les protéines quant à elles sont aussi polymère linéaire mais d’acide aminée.

Sinon, pour le reste, OK.

odoc a écrit :

On peut intégrer un ADN dans une cellule vivante (le plus souvent en labo c’sert dans une bactérie) sans que cet ADN ne fasse quoi que ce soit. Il faut imaginé que pour avoir une protéine à partir de l’ADN, il existe un certain nombre de tag qui vont dire à la cellule : traduit ca en ARN, puis traduit en protéine.

Si on ne met pas ces tag, on a juste un ADN, et si on met le tag qui dit à la cellule “fait des copier/coller de tout ça”, bah on va avoir un système dans lequel l’ADN est simplement répliqué, maintenu et transmis aux prochaines générations de cellules.

Ensuite on peut aussi simplement construire l’ADN, l’amplifier dans une cellule, le récupérer et le stocker.

Le gros problème en fait c’est la lecture : un séquenceur, c’est en gros 200000€, une expérience de séquençage (qui va lire en gros l’équivalent de 10 génomes humains), c’est entre 3 et 7000€. Le temps de traitement bioinfo derrière : 1 semaine (au mieux, parfois 6 mois).

Bref c’est pas pour demain le baladeur mp3 ^^

Pour faire très simple :

ADN –(transcription)–> ARN–(traduction)–> protéine

ADN : stockage (disque dur)

ARN : copie de travail (ram)

Protéine : molécule active (programme)

Mais en faite, là, on s’en fout. Là, il faut juste voir l’ADN comme une séquence de lettre “A, C, G ou T”. Mais on peut très bien remplacer ces lettres par des chiffres comme “0,1,2,3”. Ca tombe bien on peut même directement écrire ces chiffres sur 2 bit : “00, 01, 10, 11”. Du coup, tu peux très facilement comprendre qu’il est très simple de passer d’un fichier binaire à une séquence d’ADN et vis versa.

Bball

Le 30/04/2016 à 15h50

tazvld a écrit :

odoc a écrit :

tnetennba a écrit :

Merci les gens, j’avais pas compris que c’était surtout une molécule donc que ca peut se trouver hors d’une cellule

Vachalay

Le 30/04/2016 à 16h07

Et quid des mutations (sensibilité aux radiations par exemple) ?

taralafifi

Le 30/04/2016 à 16h12

Pas mal pour faire de la dématérialisation de documents. Si l’ADN peut remplacer le papier à terme, ça serait top.

Toru

Le 30/04/2016 à 16h17

C’est honteux, pardon…

Je m’en vais me faire fouetter immédiatement.

Pis je vais éditer mon post aussi… Parce que ça fait moche^^

odoc

Le 30/04/2016 à 16h45

dans un tube à -80°C, aucun risque ^^

odoc

Le 30/04/2016 à 16h47

Le séquençage d’un génome c’est plusieurs centaines de Go derrière à traiter par info, pas sur qu’on y arrive ^^

Comme dit précédemment, en gros, si l’ADN fait 10000, on va couper en 100 x100 puis par info on reconstitue le tout. Donc pour le moment on arrive pas à avoir directement l’info sans traitement assez lourd.

picatrix

Le 30/04/2016 à 16h52

Bball a écrit :

Je me demande comment ca marche. L’ADN n’existe que dans une cellule, c’est bien ca?

Oui : quand la police arrête un type, il se retrouve en prison et son ADN est dans une cellule.

Konrad

Le 30/04/2016 à 17h03

Bientôt des êtres vivants qui auront le code de Windows dans leur ADN ? " />

Des programmes informatiques capables de s’auto-répliquer ? " />

Voxran Abonné

Le 30/04/2016 à 13h10

Je sens venir le port USB (ou n’importe quel standard du futur) au bout du doigt pour que l’on soit notre propre espace de stockage… Plus de problèmes de pertes de clés usb ! " />

numerid

Le 30/04/2016 à 13h17

Ouais mais je dis pas les dangers pour les espions et escrocs de tout poil qui se feront alpaguer. Hop une petite virée dans leur ADN et on saura tout." />

 

Clapitti

Le 30/04/2016 à 13h24

L’ADN Humain croisé avec 500000 Po de pr0n, pas certain du resultat " />

Bball

Le 30/04/2016 à 13h27

Je me demande comment ca marche. L’ADN n’existe que dans une cellule, c’est bien ca?

Si c’est le cas, l’ADN n’est pas le code qui permet de définir comment fonctionne/vit une cellule, ses fonctions, sa duplication, sa durée de vie?

Si l’on prend le cas des êtres vivants sur cette planete, des cellules meurent et se font remplacer en permanence. Donc comment feront nous pour stocker dans le temps ces cellules?

anonyme_e9710b9f0da191d87895c18d8068aae9

Le 30/04/2016 à 13h42

En fait il faut déjà partir d’un principe : rien ne dit que l’ADN qu’ils aient implémenté ne corresponde à quelque chose du vivant, du coup tout le porno de l’univers dans le petit doigt c’est pas pour demain.

Mais si j’ai bien compris rien n’empêche de définir un séquençage ADN suivant un algorithme qui puisse convenir à la fois à des cellules temporairement stables mais également à un ensemble de données sur support organiques.

Après malheureusement je ne saurais pas te dire concrètement comment on peut inscrire une données directement dans un séquençage d’ADN et je partage ton interrogation.

Tarvos

Le 30/04/2016 à 13h43

Chouette, faut apprendre à être « programmateur » en base 4. Déjà que la « programmatisation » binaire n’est pas simple !

 Par contre les peek / poke étaient rigolos (sauf pour ceux qui n’avaient pas ce C64).

 

Ici, il s’agit de brins synthétique, et que ce passerait il si ces données étaient codées dans le génome humain?

A notre naissance des infos seraient intégrés a notre ADN. Et ensuite? , qui contrôle ?

 

On ne serai plus propriétaire de notre corps (Monsanto  et autres, quand on voit que les graines vendues ont une DLC )

 

 

Arcy Abonné

Le 30/04/2016 à 13h47

Je m’offusque en lisant ton commentaire !

Le programmateur, c’est le truc qu’on trouve sur la machine à laver/lave-vaisselle.

Le synonyme de développeur/développement, c’est programmeur/programmation.

Overnumerousness

Le 30/04/2016 à 13h50

Faut juste se souvenir que l’ADN est une molécule. Comme le CO2, sauf qu’elle est beaucoup beaucoup plus grosse. Dans un cas comme dans l’autre, on la retrouve dans les êtres vivants, mais ça ne signifie pas que son existence est restreinte au vivant (certes on ne la trouve pas à l’état « naturel » en dehors du vivant, mais je suppose que Twist a trouvé un moyen de la synthétiser).

Quant à l’aspect code, c’est à nous de décider. Dans nos cellules nous avons des ARN polymérases qui transcrivent l’ADN en ARN (je ne suis pas biologiste donc je ne te ferai pas un cours plus en détails, tu regarderas sur wikipédia), mais rien ne nous interdit d’avoir nos propres transcripteurs.

Tout comme le rhyming slang reprend des mots anglais pour leur donner une signification complètement différente, nous sommes libres de choisir comment coder et décoder des chaînes de bits en chaîne de nucléotides ;)

Toru

Le 30/04/2016 à 13h54

Captain here (Tech de cytogénétique ;)  !

L’ADN est une protéine qui peut être synthétisée dans un milieu approprié (tampon stringent), l’évolution aidant, cette protéine est particulièrement stable, elle l’est d’autant plus quand on la congèle dans un milieu parfaitement maîtrisée. 

C’est une protéine qui a pour particularité de contenir de l’information, mais ça reste biochimiquement parlant une protéine comme une autre.

La dégradation de l’ADN suit des processus connus, et on est capable de restituer de l’information à partir d’ADN dénaturé.

Il ne faut pas confondre l’ADN et toute la machinerie cellulaire qui l’entretient, ça c’est plus compliqué, faisable mais compliqué.

zefling Abonné

Le 30/04/2016 à 13h55

Tarvos a écrit :

Chouette, faut apprendre à être « programmateur » en base 4. Déjà que la « programmatisation » binaire n’est pas simple !

Base 4… 2×2… Mais, on ne pourrait pas mettre 2 bits par paires de bases azotée ? " />

De plus, qui fait encore du binaire a part ceux qui touchent au matériel ?

vampire7

Le 30/04/2016 à 14h06

zefling a écrit :

De plus, qui fait encore du binaire a part ceux qui touchent au matériel ?

Stocker des flags sur un entier 32 bits par exemple, ça revient à faire du binaire, même si on l’écrit plus souvent en hexadécimal par commodité.

127.0.0.1

Le 30/04/2016 à 14h15

Ca donne un nouveau sens au terme “ fuite de données”.

tazvld Abonné

Le 30/04/2016 à 22h33

Oui, les 2 brins, c’est bien pratique pour la stabilité. Mais ces 2 brins ne tiennent que par des ponts hydrogène, par analogie, et très grossièrement, c’est comme des aimants. Justement entre un A et un T, il y a 2 ponts hydrogène et entre un C et un G, il en a 3, ce qui rend les paires CG plus stable que les paires AT.

Il est très simple de séparer les 2 brins. Le plus simple, c’est de chauffer, comme lors d’un PCR (une methode classique pour amplifier, dupliquer plein de fois, un bout d’ADN). Mais tu peux aussi utiliser des outils que la nature fournie : les hélicases, des enzymes qui comme son nom l’indique sert à dérouler la double hélice et séparer les 2 brins.

Mais certain séquenceurs de dernière génération ne s’encombre même pas de ça, il lisent directement qu’un seul des 2 brins. Même si c’est le mauvais, qu’importe, il suffit juste de faire le complémentaire inverse (oui parce qu’un brin d’ADN à quand même un sens de lecture, mais les 2 brin dans l’hélice il ne sont pas dans le même sens). Ainsi si il y a des marqueurs de débuts de fin et que ton séquenceur il lit :

-“debut……fin” ok je suis dans le bon brins

-“uij … tnqep” : je crois que je suis sur le mauvais, il faut que j’inverse ça.

Dude76 Abonné

Le 01/05/2016 à 02h09

127.0.0.1 a écrit :

Ça donne un nouveau sens au terme “ fuite de données”.

Mmmmm.

J’ai plusieurs trucs qui me sont venus à l’esprit… (mal tourné, évidemment)

-éjaculateur (précoce) inquiet ?

-Plus que jamais, il faut sortir couvert !

-Pourra-t-on accuser de vouloir introduire un flux de données non vérifié par l’antivirus ?

Vaut mieux que je m’arrête là " />

Vachalay

Le 01/05/2016 à 06h26

odoc a écrit :

dans un tube à -80°C, aucun risque ^^

Merci pour la réponse " />

Phaxan

Le 01/05/2016 à 07h01

tazvld a écrit :

Pour faire très simple :

ADN –(transcription)–> ARN–(traduction)–> protéine

ADN : stockage (disque dur)

ARN : copie de travail (ram)

Protéine : molécule active (programme)

 En tant que développeur, tu ne pouvais pas être plus clair pour moi, merci " />

Cela fait des années que je considère l’ADN comme un gros foutoir de code source avec une grosse majorité de code commenté qui ne sert plus. Effectivement, GIT n’existait pas à l’origine des temps " />

Anonyme_f7d8f7f164fgnbw67p

Le 01/05/2016 à 07h19

Vous vous focalisez tous sur le sequencage (ie la lecture des infos), mais le plus compliqué aujourd’hui c’est la création des brins (l’écriture).

Créer des brins de taille raisonnable, s’assurer qu’on a codé la bonne informations, c’est ça qui est long.

La chimie des nucléotides est un peu particulière, en plus…

Takoon

Le 01/05/2016 à 07h27

YouTube

Alex14

Le 01/05/2016 à 08h04

” sans forcement devoir faire 10 couvertures” => il te faut plus que ca si tu veux etre certain de ton info, ce qui dans le cas de l informatique est assez interessant…“in vivo” veut bien dire ce que ca veut dire. Et oui le risque de mutation doit etre modélise mais il est facilement controlable, pas comme la demi vie de l ADN qui elle est inexorable, meme sans DNAse (et pour le coup, aucun interet de conserver a -80 des tubes, autant aller dans de l azote)

Alex14

Le 01/05/2016 à 08h05

la demi vie de l adn est de 521 ans ;)

Folgore

Le 01/05/2016 à 10h23

Avec des films qui font du QHD, faut bien un nouveau type d’espace de stockage " />

tazvld Abonné

Le 01/05/2016 à 10h36

Phaxan a écrit :

En tant que développeur, tu ne pouvais pas être plus clair pour moi, merci " />

Cela fait des années que je considère l’ADN comme un gros foutoir de code source avec une grosse majorité de code commenté qui ne sert plus. Effectivement, GIT n’existait pas à l’origine des temps " />

Alors, bon, ne te fait pas non plus d’illusion, ce que je t’es expliqué, c’est extrêmement simplifier. La réalité est bien plus complexe, et il faut se rendre compte que ADN, ARN et protéine étant des molécules ont chacun à leur niveau des mécanismes propre, des interactions, des actions et de besoin de “marqueur”. En faite, il faudrait voir plus que du code mise en commentaire des tonne des macro et de métacode. Si à une époque certain se plaignaient du code spaghetti à force d’instruction GOTO, l’ADN c’est des spaghetti quantique à coté….

Je te donne 2 exemples :

l’épigénétique : on s’est rendu compte que certains caractères acquis et non génétiques peuvent être hérité par les cellules filles et transmis ainsi de suite… Ainsi cles femelles mammifères (du coup aussi les femmes) 2 chromose X actif en même temps ne semble pas vraiment bon, il faut en désactiver 1. Cette désactivation se fait aléatoirement à un stade précoce du développement de l’embryon de manière indépendante dans chaque cellule (chaque celle choisi au hasard lequel désactivé). Cependant dès lors que la cellule a choisi lequel désactivé, elle transmettra cette “information” à toutes ses descendantes. Voir cette vidéo (en anglais)

Les CRISPR : Il faut voir ça comme une base de donnée viral pour l’antivirus bactérien. La bactérie va garder des bout d’ADN de virus dans un coin de son génome Voir cette vidéo

Drepanocytose a écrit :

Vous vous focalisez tous sur le sequencage (ie la lecture des infos), mais le plus compliqué aujourd’hui c’est la création des brins (l’écriture).

Créer des brins de taille raisonnable, s’assurer qu’on a codé la bonne informations, c’est ça qui est long.

La chimie des nucléotides est un peu particulière, en plus…

Je t’avoue, je ne sais pas du tout comme c’est fait. Je ne sais pas du tout comment sont synthétisé des brin. Je sais que l’on a souvent des problèmes avec des lots d’amorces foireuses.

Mais là encore, j’imagine que si l’on demande de faire la synthèse de plusieurs copie, on peut espèrer que les erreurs vont se trouver à différents endroit, et par parcimonie ou correction des erreurs retrouver l’information d’origine.

Alex14 a écrit :

la demi vie de l adn est de 521 ans ;)

Heu… ouai? alors dans quel condition ?

Qu’entend tu par demi vie ?

Mais en soit, supposons que ça veut dure que la moitié de l’ADN n’est plus lisible. il en reste l’autre moitié qui est toujours bien séquençable. Du coup, pas de problème pour plusieurs millénaire lors que l’on mets plusieurs milliers ou millions de copie.

odoc

Le 01/05/2016 à 12h11

dans le cas d’une non conservation (individu mort), relit le papier.

On depasse le million d’année à -5°C. A -80°C/Azote liquide aucun risque de dégradation pendant un bon moment.

Alex14 a écrit :

“ sans forcement devoir faire 10 couvertures” => il te faut plus que ca si tu veux etre certain de ton info, ce qui dans le cas de l informatique est assez interessant…“in vivo” veut bien dire ce que ca veut dire. Et oui le risque de mutation doit etre modélise mais il est facilement controlable, pas comme la demi vie de l ADN qui elle est inexorable, meme sans DNAse (et pour le coup, aucun interet de conserver a -80 des tubes, autant aller dans de l azote)

pas d’accord, si on par sur des codes de max ¹⁰⁰⁄₂₀₀ nucléotides, avec les bon codes barres en 5’/3’, pas besoin comme pour un séquençage entier de 200 lectures pour être sur de l’info.

odoc

Le 01/05/2016 à 12h14

Drepanocytose a écrit :

Vous vous focalisez tous sur le sequencage (ie la lecture des infos), mais le plus compliqué aujourd’hui c’est la création des brins (l’écriture).

Créer des brins de taille raisonnable, s’assurer qu’on a codé la bonne informations, c’est ça qui est long.

La chimie des nucléotides est un peu particulière, en plus…

pas tant que ça, c’est long mais pas infaisable. Depuis le premier papier y a bien eu un article sur la recréation d’un génome bactérien, c’est pas rien.

Par contre faut pas vouloir synthétiser un brin de plusieurs centaines de kb de long ^^

odoc

Le 01/05/2016 à 12h18

En fait imagine un code source où les commentaires sont plus important et ont plus de fonction que le code en lui même ^^

Seulement un peu plus de 1% de l’ADN codent pour des protéines.

tazvld Abonné

Le 01/05/2016 à 12h34

odoc a écrit :

dans le cas d’une non conservation (individu mort), relit le papier.

On depasse le million d’année à -5°C. A -80°C/Azote liquide aucun risque de dégradation pendant un bon moment.

J’ai pas eu trop le temps de lire l’article, et j’ai mal au crane, mais j’ai l’impression qu’ils disent qu’il faut 521 ans à 13.1°C pour que la moitié des brins de 242nt d’ADN mitochondrial soit casé en deux. Ce qui est déjà bien raisonnable même pour ces conditions.

pas d’accord, si on par sur des codes de max ¹⁰⁰⁄₂₀₀ nucléotides, avec les bon codes barres en 5’/3’, pas besoin comme pour un séquençage entier de 200 lectures pour être sur de l’info.

J’ajouterais qu’avec un système de correction des erreurs similaire à ce que l’on trouve sur les disques durs (secteur ECC) et une taille contrôlé des brins ça peut simplifier le problème de couverture.

sr17

Le 01/05/2016 à 17h44

Le problème du stockage, c’est que l’humanité confond activité et agitation inutile.

Avec le temps, 99,9% de notre création disparaîtra parce qu’objectivement, seule une très petite partie mérite de passer à la postérité.