DNA Drive : des documents stockés sur ADN aux Archives Nationales, une « première mondiale »

DNA Drive : des documents stockés sur ADN aux Archives Nationales, une « première mondiale »

DNA Drive : des documents stockés sur ADN aux Archives Nationales, une « première mondiale »

Deux textes symboliques ont été stockés sur de l’ADN : la Déclaration des droits de l’homme et du citoyen de 1789 et la Déclaration des droits de la femme et de la citoyenne de 1791. Deux capsules métalliques contiennent chacune 100 milliards de copies des textes.

« Les Archives nationales ont officiellement enregistré le dépôt de ces archives numériques encodées sur ADN, une première mondiale pour une institution publique », explique le CNRS. La technologie DNA Drive est développée par les chercheurs Stéphane Lemaire et Pierre Crozet, respectivement directeur de recherche au CNRS et maître de conférences à Sorbonne Université.

Dans cet article du Journal du CNRS, il est indiqué que « le procédé est simple : la donnée numérique binaire (0 ou 1) est transformée en donnée quaternaire (les quatre nucléotides de l’ADN : A,T,C G où A=C=0 et T=G=1 pour un code à 1 bit/base) ». 

« La lecture de l’information peut être effectuée, comme pour les oligonucléotides, avec des séquenceurs d’ADN nomades qui font aujourd’hui la taille d’une clé USB », explique Stéphane Lemaire. Enfin, il faut savoir que « l’encodage prend plusieurs jours ; le décodage, plusieurs heures », du stockage à froid de grande capacité en quelque sorte.

Selon le CNRS, « le DNA Drive se veut une solution de stockage écoresponsable : durable, écologique, et ultra-compacte, elle peut être conservée durant des millénaires dans des capsules métalliques à l’abri de l’eau, de l’air et de la lumière sans apport énergétique ».

Commentaires (37)


J’imagine que même si ces brins d’ADN finissaient “dans la nature”, ça n’aurait aucun effet délétère car ils n’ont pas les codons d’amorce nécessaires pour qu’ils soient exprimés dans les cellules (ou quelque chose du genre) ?


S’il suffisait que l’ADN soit “dans la nature” pour qu’on l’assimile, ça ferait longtemps qu’on se serait transformé en plante :D



Il y a un grand nombre de protections dans l’organisme pour éviter que ça se produise, justement parce qu’on y est exposé au quotidien.


KooKiz

S’il suffisait que l’ADN soit “dans la nature” pour qu’on l’assimile, ça ferait longtemps qu’on se serait transformé en plante :D



Il y a un grand nombre de protections dans l’organisme pour éviter que ça se produise, justement parce qu’on y est exposé au quotidien.


On est d’accord, d’autant plus que notre génome est constamment mis sous pression et notre corps est prévu pour (jusqu’à un certain point), car les choses qui peuvent détériorer notre ADN sont légion : rayons UV, virus, oxygène (radicaux libres), etc.


ça parait miraculeux : un stockage à froid, pas énergivore, qui prend peu de place et qui sera encore lisible dans 50 000 ans



Bon en contrepartie, il ne faut pas que l’humanité retourne à l’âge de pierre mais c’est valable pour tes les stockages numériques actuels.


le procédé est simple : la donnée numérique binaire (0 ou 1) est transformée en donnée quaternaire (les quatre nucléotides de l’ADN : A,T,C G où A=C=0 et T=G=1 pour un code à 1 bit/base)



Exercice: calculer la chaîne binaire aboutissant à l’ADN du bacille du charbon



SunneX a dit:


qui sera encore lisible dans 50 000 ans




C’est sûr ça ?
Parce que l’ADN ça se détériore (mais peut-être uniquement au moment des réplications dans les cellules ?).



SunneX a dit:


ça parait miraculeux : un stockage à froid, pas énergivore, qui prend peu de place et qui sera encore lisible dans 50 000 ans



Bon en contrepartie, il ne faut pas que l’humanité retourne à l’âge de pierre mais c’est valable pour tes les stockages numériques actuels.




D’ici moins de 100 ans (et encore, je compte très large), les humains qui auront survécu aux catastrophes climatiques en cours, à l’extinction de masse qu’ils ont provoquée et à la disparition des matières premières et autres ressources indispensables à nos sociétés actuelles et notre survie (lesquelles commencent déjà à manquer car on a déjà presque tout consommé en seulement 170 ans, et que ça a mis des millions d’années à être produit), seront au minimum retournés à un nouveau Moyen-Âge (sur le plan technologique, et probablement celui des connaissances scientifiques aussi).




Mihashi a dit:


C’est sûr ça ? Parce que l’ADN ça se détériore (mais peut-être uniquement au moment des réplications dans les cellules ?).




L’ADN peut durer au maximum un million d’années avant d’être complètement détruit.



(quote:1914388:Trit’)
L’ADN peut durer au maximum un million d’années avant d’être complètement détruit.




Complètement peut-être, mais si les premières données sont perdues dès les premières années ça sert à rien… :transpi: (même si j’imagine qu’il y a de la redondance, pour maximiser la pérennité des données).



(reply:1914388:Trit’)




Cela me fait penser à une vision de planètes que pouvait visiter SG-1.



Ou au scénario de la série “See”, malheureusement … :(



Deux textes symboliques ont été stockés sur de l’ADN : la Déclaration des droits de l’homme et du citoyen de 1789 et la Déclaration des droits de la femme et de la citoyenne de 1791.





News: la déclaration des droits du non-genré sera codée sur les nucléotides L, G, B et T.



:humour:



Mihashi a dit:


j’imagine qu’il y a de la redondance




Deux capsules métalliques contiennent chacune 100 milliards de copies des textes.



(quote:1914388:Trit’) D’ici moins de 100 ans (et encore, je compte très large), les humains qui auront survécu aux catastrophes climatiques…




Les gens qui lancent des prophéties invérifiables avant leur propre mort, j’adore.
C’est pareil que les fabricants de stockage d’information qui promettent une durée de vie de plusieurs milliers d’années en fait. Dans les deux cas, ils dorment tranquilles en sachant que personne ne pourra venir leur mettre le nez dans leur erreur.


Après on peut pas lui reprocher ça, on vit actuellement le même scénario que n’importe quel début de film apocalyptique :D



Je pense qu’ “on” réagira au dernier moment et en bien.



Qui vivra verra comme on dit :craint:


On a déjà retrouvé de l’ADN ayant plusieurs dizaines de milliers d’année, et on a réussis le lire.



On a pas encore trouvé de DVD lors de fouille archéologique. :D


Effectivement. Pour faire une prophétie, c’est mieux de le faire avant sa mort. Après, c’est plus compliqué.



Neo1322 a dit:


C’est pareil que les fabricants de stockage d’information qui promettent une durée de vie de plusieurs milliers d’années en fait. Dans les deux cas, ils dorment tranquilles en sachant que personne ne pourra venir leur mettre le nez dans leur erreur.




Si le support n’est plus lisible dans 2 jours, si.



Vekin a dit:


J’imagine que même si ces brins d’ADN finissaient “dans la nature”, ça n’aurait aucun effet délétère car ils n’ont pas les codons d’amorce nécessaires pour qu’ils soient exprimés dans les cellules (ou quelque chose du genre) ?




En vrai c’est difficile de répondre. il n’y a pas de code pour la transcription et la traduction mais en soit le support peut s’autorépliquer, c’est même tout l’avantage de ce système : réplication et maintient automatique




Mihashi a dit:


Complètement peut-être, mais si les premières données sont perdues dès les premières années ça sert à rien… :transpi: (même si j’imagine qu’il y a de la redondance, pour maximiser la pérennité des données).




Alors je sais pas si c’est le cas du matériel déposé, mais l’ADN se conserve facilement surtout s’il est à l’intérieur d’une bactérie/cellule qui va se charger de le répliquer et de le réparer.




v1nce a dit:


le procédé est simple : la donnée numérique binaire (0 ou 1) est transformée en donnée quaternaire (les quatre nucléotides de l’ADN : A,T,C G où A=C=0 et T=G=1 pour un code à 1 bit/base)



Exercice: calculer la chaîne binaire aboutissant à l’ADN du bacille du charbon




C’est indiqué dans l’article d’origine sur le site du CNRS : l’algo d’encodage est fait pour empêcher ce genre de chose. et vu que la quantité de génome dispo dans les bases de données, c’est pas très compliqué de réaliser des alignements avant la synthèse.



Sinon à noter qu’en soit la lecture est de nos jours assez simple / rapide / peu chère, autant la synthèse (écriture) c’est pas la même… et en fait heureusement


On pourrait même imaginer améliorer l’encodage avec les 4 nucléotides non ? 1 nucléotide = 2 bit, par exemple A = 00, C = 01, T = 10, G = 11 ?



v1nce a dit:


le procédé est simple : la donnée numérique binaire (0 ou 1) est transformée en donnée quaternaire (les quatre nucléotides de l’ADN : A,T,C G où A=C=0 et T=G=1 pour un code à 1 bit/base)



Exercice: calculer la chaîne binaire aboutissant à l’ADN du bacille du charbon




Aurais-tu du courrier à envoyer par (bio)hazard ?




Mihashi a dit:


Complètement peut-être, mais si les premières données sont perdues dès les premières années ça sert à rien… :transpi: (même si j’imagine qu’il y a de la redondance, pour maximiser la pérennité des données).




La redondance est effectivement la clé. De plus, il existe beaucoup de mécanisme dans les cellules pour la réparation des erreurs et des détériorations qui pourrait être utilisé. Dans le domaine, il y a Deinococcus radiodurans qui est un peu la reine de la réparation (grâce entre autre au grand nombre de copie de son ADN).



Enfin, Si l’ADN est conservé dans l’azote liquide, à part des rayon cosmique, il n’y a pas grand chose qui irait le détériorer.



Vekin a dit:


On est d’accord, d’autant plus que notre génome est constamment mis sous pression et notre corps est prévu pour (jusqu’à un certain point), car les choses qui peuvent détériorer notre ADN sont légion : rayons UV, virus, oxygène (radicaux libres), etc.




Lequel des supports numériques actuels résiste à toutes ces menaces (ou même une seule) ?


Les CD et DVD résistent aux virus.



FrancoisA a dit:


Les CD et DVD résistent aux virus.




On voit que t’as jamais utilisé windows. :mdr:


Je reste dubitatif sur cette annonce, non pas que je n’y crois pas, ils ont apparemment réalisé l’expérience mais J’ai 2 questions :




  1. pourquoi les géants de l’industrie du stockage/data centers ne se ruent pas sur cette techno ?

  2. quel type d’ADN est utilisé sur cette technologie (végétal/animal/autre ? je manque de connaissance à ce sujet) ?



Merci



(reply:1914472:prog-amateur)




Mes spéculations :




  1. Parce que les temps de lecture et écriture sont bien trop long.

  2. Il n’y a pas de type différent d’ADN en tant que molécule entre animaux/végétaux/autres. Il peut encoder des gènes qui permettent de le déterminer, mais en tant que suite de nucléotide, il n’y a pas de différence.



(reply:1914472:prog-amateur)




Niveau prix, cette techno n’est pas terrible. Je n’ai pas les prix aujourd’hui pour la lecture, je ne connais pas très bien la 3ième génération de séquenceur, à l’époque de la seconde, on était plus vers du 10 000-5 000€ pour un séquençage (ce qui n’est pas cher par rapport au 300 million initialement prévu pour le génome humain).



L’écriture, là encore je n’ai pas les prix, mais comme l’a signaler odoc plus haut, c’est bien pire que la lecture.



Ce n’est donc pas vraiment des solutions viable commercialement parlant pour l’instant.



Sinon, l’ADN est une molécule, composé de “brique”, les désoxyribonucléotide A, C, G et T, qui s’enchaine les uns après les autres. Il est universel. C’est à dire que c’est la même composition chimique que ce soit un ADN humain, de souris, de mouche, de plantes et bactérie. Même les virus à ADN, c’est chimiquement la même molécule.



Ce qui diffère entre tous ces organismes, c’est la séquence des désoxyribonucléotide. Or ici, la séquence est totalement artificiel, elle ne correspond qu’à l’information que l’on a décidé d’écrire dessus. Elle ne correspond pas à une séquence issue d’un être vivant, à une quelconque sélection génétique. Cette séquence n’est donc ni animal, ni végétal, ni bactérien, ni viral… rien de connu.



Syntaxiquement, pour une cellule, cet ADN a peu de chance d’avoir une quelconque signification, une quelconque utilité, autant demander à des singes de taper sur des machine à écrire tu aurais plus de chance d’avoir une phrase correct.



(reply:1914479:le podoclaste)




Merci beaucoup pour vos éclaircissements détaillés, vous êtes au top !



(quote:1914472:prog-amateur)




  1. pourquoi les géants de l’industrie du stockage/data centers ne se ruent pas sur cette techno ?




Parce que c’est pour du very cold data = pour stocker des archives qui n’ont pas vocation a être accédées sauf évènement extrêmement rare. C’est donc un marché de niche.



KooKiz a dit:


S’il suffisait que l’ADN soit “dans la nature” pour qu’on l’assimile, ça ferait longtemps qu’on se serait transformé en plante :D




Me souviens avoir semé mon ADN dans le nez de …. et je n’ai pas été géniteur pour autant :)
(Je sors) ^^



(quote:1914463:127.0.0.1)
On voit que t’as jamais utilisé windows. :mdr:




:mdr:
Tu m’as tué, comme celle sur les trans’.
C’était lourd.
Mais il a pas si tord sur l’histoire des CD/DVD. Ils ne sont pas sujet à une altération de données comme peuvent l’être les clés USB par exemple.
Je parle de ça car il y a encore quelques temps, je crois que c’était Tails, une release linux basée sur la vie privée, avait mis ça en avant.
Ça m’avait marqué et fait un peu réfléchir sur le sujet.


Du coup, bientôt les cheveux RAID ?



tazvld a dit:



Enfin, Si l’ADN est conservé dans l’azote liquide, à part des rayon cosmique, il n’y a pas grand chose qui irait le détériorer.




Manque un risque : Le responsable azote qui oublie de remplir le conteneur. ;)
(non non cela n’est jamais arrivé dans mon ancien labo, et jamais on a perdu de lignées)



(bon dans un vrai labo qui a les moyens c’est pas manuel ce genre de truc)



(reply:1914492:Ricard) Je veux dire dont l’objet de la prophétie est trop lointain pour être démenti avant la mort de l’auteur.
Contre-exemple: Paco Rabanne, qui en mai 1999 annonce que la station Mir s’écrasera sur Paris le 11 aout 1999. Ça c’est courageux. Bon il est passé pour un con du coup, mais c’était plus intéressant que si il avait annoncé un truc pour l’an 2099.



Pour une personne qui vivrait à contre courant et qui ne craint pas l’avenir, il y a surement pire qu’un passé rempli de regret c’est un passé dont il ne peut pas provenir.



(quote:1914502:phantom-lord)
Mais il a pas si tord sur l’histoire des CD/DVD. Ils ne sont pas sujet à une altération de données comme peuvent l’être les clés USB par exemple. Je parle de ça car il y a encore quelques temps, je crois que c’était Tails, une release linux basée sur la vie privée, avait mis ça en avant. Ça m’avait marqué et fait un peu réfléchir sur le sujet.




Bah ca dépend des CD/DVD. Les vieux se souviendront des spindle de 100 CD-R à la FNAC pour pas cher… quelques années plus tard il étaient jaunis et illisibles :/


Ouais ça et l’erreur de redondance cyclique quand tu sors un vieux DVD mais mal gravé.
Depuis j’ai toujours laissé cocher la vérification des données après gravure.
C’est long mais au moins tu le sais de suite si t’es baisé, pas quelques années plus tard :transpi:



(quote:1914472:prog-amateur)




  1. pourquoi les géants de l’industrie du stockage/data centers ne se ruent pas sur cette techno ?




Octava Klaba (OVH) fait partie des financeurs de cette entreprise, c’est la meilleur manière pour lui de surveiller les progrès de cette technologie.


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