Euh non, ça n'a jamais été utile. Si tu mets à jour Apache par exemple, la nouvelle version va s'installer et la précédente restera dispo tant que tu n'a pas redémarré son service. Bref tu ne redémarres que le service Apache; les autres services de la machine (disons mysql) ne sont pas du tout impacté.
Pour une librairie, la nouvelle est installée, l'ancienne est marquée "à supprimer" les applis encours finissent avec l'ancienne version, les nouvelles applis tournent avec la nouvelle, dès que plus rien n'utilise l'ancienne lib, elle est physiquement supprimée.

Le redémarrage totale n'est pas nécessaire, après j'imagine que c'est plus une habitude pour éviter de regarder la liste des màj et être sûr de ne pas oublier de redémarrer des services. Avec la virtualisation je suppose qu'on a plutôt une VM par service et du coup autant rebooter toute la VM qu'un service.

If a file being used by an application changes while the application is running then the application won’t know about the change.

C'est faux, si le fichier est en cours d'utilisation, il reste disponible dans l'ancienne version : C'est le principe de base des inodes. Le cas foireux c'est une appli ouverte qui a utilisé une lib, l'a libéré de sa mémoire (faute d'usage), puis la réutilise après qu'elle ait été mise à jour : si l'appli est codé avec les pieds, que l'API de la lib a été modifié, le programme ouvert pourrait planter. (il suffit alors de le fermer / rouvrir)
Par contre, le soft (qui est resté ouvert pendant la màj) a dû être identifié comme à mettre à jour par le gestionnaire de paquets... donc tu étais a priori au courant du risque. :)

This can cause the application to no longer work the same way.

Oui c'est exactement le principe d'une mise à jour...

Fedora, dans le même article, explique que les mises à jour sans reboot marchent bien cf § "Doing live updates"

Après comme je le disais dans mon premier message, il faut regarder la liste de paquets à màj avant de valider. Si dans la liste, il y'a ton gestionnaire de fenêtre ou konsole, et que tu lances la mise à jour depuis konsole, il y'a un léger risque que konsole plante pendant la mise à jour et interrompe le process au milieu, voire laisse ton système sans interface graphique.
Pour ce cas, tu peux lancer la mise à jour dans un screen si quelque chose plante, tu réouvres konsole fraichement mise à jour et récupère le screen avec "screen -dr".

Je suis en rolling release depuis 2003 (gentoo), je n'ai jamais eu besoin de rebooté. En 20ans, j'ai évidemment eu quelques transpirations suite à des màj foireuses, mais c'était à chaque une mise à jour majeure (upgrade de xwindows, de KDE, noyau avec prb de drivers graphique).
À l'opposé y'a pleins de fois ou ça marche bien: J'ai upgradé récemment un portable de kde 5 en 6beta (avec les versions compilées depuis git tant qu'à faire) à ma grande surprise j'ai pu faire ça depuis konsole sans prb particulier, tout en glandouillant avec Firefox sur le net.
C'est marrant de voir des éléments se recharger à la nouvelle version au fur et à mesure de la compilation :) Bon c'est un portable qui ne contient aucune donnée perso, je n'aurais pas fait ça sur ma machine principale (enfin j'aurais lancé emerge dans un screen, et éviter de faire des trucs trop important en même temps)