Médecine basée sur les données : Sophia Genetics présente l’IA « la plus avancée au monde »

Sophia Genetics présente son intelligence artificielle SOPHiA qui serait, selon la société suisse, « la plus avancée au monde pour la médecine basée sur les données ». Selon son éditeur, elle permettra de proposer de meilleurs diagnostics et plus rapidement.

Sophia Genetics est une société basée en Suisse qui nourrit de grandes ambitions et revendique être le « leader global de la médecine basée sur les données (Data Driven Medicine - DDM) ». Pour cela, elle dit allier plusieurs compétences comme la bio-informatique et le machine learning. Par exemple, son PDG le français Jurgi Camblong, avait annoncé au début de l'année dernière que, « grâce au séquençage à haut débit et aux algorithmes actuels, je suis convaincu que dans cinq à dix ans le cancer sera une maladie maîtrisée ».

Une intelligence artificielle qui rivalise avec les experts sur certains points

Aujourd'hui, la jeune pousse (créée en 2011) revient sur le devant de la scène et annonce SOPHiA, qui ne serait rien de moins que « l'intelligence artificielle la plus avancée au monde pour la médecine basée sur les données », mais sans apporter de comparaisons tangibles avec d'autres systèmes. Sophia Genetics explique que son système apprend « continuellement des milliers de profils génomiques de patients, et du savoir d’experts, pour améliorer les diagnostics et les traitements des patients ».

La société suisse en profite pour publier les résultats d'une enquête (dont les détails ne sont pas précisés) indiquant que son intelligence artificielle « obtient un score de prédiction de pathogénicité des variantes génomiques 98% similaire aux résultats atteints par des experts cliniques pour des mutations dans les gènes BRCA, qui portent un risque potentiel de susceptibilité au cancer du sein ». Les diagnostics sont donc très proches de ceux des experts, mais le taux de réussite n'est pas précisé dans les deux cas, dommage.

Comme n'importe quelle IA, elle se nourrit de milliers de données...

Comme n'importe quelle intelligence artificielle, SOPHiA se base sur les données de milliers de tests génomiques de patients réalisés par les hôpitaux partenaires de Sophia DDM (ils sont 170 dans 28 pays). Elle parvient ainsi à prédire la présence d'agent infectieux « à la manière d’un expert clinique », tout affinant ses prédictions au fur et à mesure qu'elle dévore de nouvelles informations.

D'un point de vue algorithmique, on peut évidemment faire une analogie avec AlphaGo de DeepMind, une filiale de Google, la machine qui a pour la première fois battu un grand champion du jeu de Go (voir cette actualité).

... quid de leur confidentialité ?

Concernant la confidentialité des données, Sophia Genetics veut essayer de montrer patte blanche en lançant un « projet cryptographique d’un million de dollars » avec le spécialiste Jean-Pierre Hubaux. Le but est de définir de nouvelles normes et de proposer de nouveaux systèmes de protection. 

Lors d'une interview récente accordée à la Tribune de Genève, le chercheur expliquait que « le risque de vol est réel ». De plus, ces données peuvent conduire à une importante capacité de prédiction, elles sont liées entre personnes d'une même famille et ne périment pas dans le temps ; ce qui les rend d'autant plus précieuses.

De fait, elles peuvent avoir des conséquences importantes si elles venaient à tomber entre les mains de certains et leur protection ne doit pas être prise à la légère. Pour rappel, des fuites ont déjà eu lieu avec 21,5 millions de personnes touchées aux États-Unis et, dans une moindre, mesure, un laboratoire d'analyse médical français, Labio.fr.

Suite à l'annonce du million de dollars mis sur la table en avril dernier, rien de nouveau n'a été publié sur ce sujet par Sophia Genetics et il faudra donc se contenter de lui faire confiance pour le moment... Nous tâcherons d'en savoir plus auprès de la société, que ce soit sur la sécurité des données ou sur les détails de son enquête et de son IA SOPHiA.

SOPHiA bientôt disponible pour les partenaires de Sophia Genetics

Quoi qu'il en soit, et au-delà de l'annonce faite aujourd'hui, il faudra maintenant attendre de voir comment SOPHiA arrivera ou non à changer la donne sur le terrain. De 200 diagnostics de patients par jour à l'heure actuelle, Sophia Genetics pense que son système devrait « entrainer une augmentation sensible de ce nombre, en permettant aux cliniciens d’offrir de meilleurs diagnostics plus rapidement, et aux patients de bénéficier de meilleurs traitements ». Une fois que SOPHiA aura réalisé ses premiers tests grandeur nature, il sera alors temps de faire le point sur la qualité, la précision et la rapidité de ses diagnostics.

La société ajoute que SOPHiA sera « bientôt disponible » pour ses clients avec la mise en place de la version 4.0 de sa plateforme Sophia DDM. Elle ajoute que son intelligence artificielle devrait permettre de réaliser des avancées du même acabit « pour une quarantaine d’autres maladies génomiques ; oncologie, cancers héréditaires, cardiologie, métabolisme et pédiatrie ».

En France, la société suisse est déjà bien implantée avec plusieurs collaborations. C'est notamment le cas avec l’Institut PaoliCalmettes à Marseille depuis février 2016. Ce dernier effectue des recherches en lien avec l’INSERM, le CNRS et Aix-Marseille Université, dans le cadre du Centre de recherche en Cancérologie de Marseille (CRCM).

Le but est de « réduire drastiquement les délais de diagnostic pour le traitement des cancers du sein et de l'ovaire ». Depuis plusieurs années, elle travaille également avec plusieurs CHU, les Hospices Civils de Lyon et l'Hôpital Saint-Louis à Paris.