Pour deux raisons :
1. Il y a une énorme asymétrie, les violences sexistes c'est en écrasante majorité contre les femmes, donc c'est logique qu'on y mette plus de moyens que sur l'autre sens. Sans pour autant criminaliser qu'un côté : on criminalise le viol d'une femme par un homme comme d'un homme par une femme ou un non-binaire, mais on vas surtout engager les forces sur la lutte contre le viol contre les femmes. Ça serait idiot de mettre le même nombre de policier sur les viols des femmes que sur les viols des hommes, vu la différence.
2. L'UE n'a compétence que sur les femmes et les enfants. Parmi les eurocrimes sur lesquels l'UE a compétence pour légiférer, on a "la traite des êtres humains et l'exploitation sexuelle des femmes et des enfants" (article 83 du TFUE). Étant donné que ça n'inclus pas l'homme, la directive a été conçue pour ne pas parler de l'homme, tout en espérant que les pays membres ne fassent pas de distinction sur les définitions de crimes et délits.

Pour rappel ici on a bien une directive, c'est-à-dire une liste de "les États-membres doivent ...", pas une loi directement applicable (ça c'est un règlement, comme le RGPD, le texte de l'UE est directement loi dans tous les pays membres)

Si le texte dit "les États-membres doivent punir les mutilations forcées sur les femmes et enfants par une peine maximale minimale de 5 ans d'emprisonnement", ça définit seulement un minimum, et n'oblige pas les États membres à faire un distinguo homme/femmes.
Un État qui aurait dans sa loi "est puni de 5 ans de prison au maximum le fait de mutiler les parties génitales d'une tierce personne" n'enfreindrait pas la directive. Et c'est justement ce que veut le Parlement européen, ils n'ont pas le droit de légiférer sur les crimes sexuels contre les hommes, mais encouragent les pays membres à ne pas faire le distinguo sur les peines.

Petit nota : c'est une des premières fois que l'Europe fait très très gaffe à pas dépasser d'un millimètre sur cet eurocrime, alors qu'il y a déjà eu par les passé des directives sur les crimes sexuels qui ne faisaient pas de distinction homme/femmes. La raison est simple : la Hongrie d'Orban va tenter de faire tomber cette directive, donc la moindre faille juridique sera utilisée.

L'objectif de la directive est principalement d'uniformiser : que ça soit les mêmes définitions partout pour les crimes sexuels, qu'il y ait des peines maximales minimales, et surtout de faire en sorte que où qu'on soit dans l'UE, ça soit le même système d'aide aux victimes.
L'objectif est de forcer certains pays à se bouger (Hongrie coucou) sur ce problème, et à améliorer la gestion transfrontalière du problème (de toute manière l'Europe n'a pas le droit de légiférer sur un sujet si elle ne prouve pas que son action est plus efficace que la prise d'action individuelle dans chaque État, principe de subsidiarité justement).

En France, le système d'aide aux victimes est actuellement pas le même que celui en Allemagne, ni qu'en Belgique, donc forcément, quelqu'un qui serait agressé durant un voyage ne saurait pas trop vers qui se tourner. La directive oblige les pays à mettre en place un système qui soit à peu près identique partout, histoire que si tu connaisse la procédure dans ton pays tu la connaisse aussi à l'étranger.

Un peu la même chose que le numero 112 en fait. Chaque pays avait deja son numero de téléphone d'urgence, mais comme les numéros changeaient en fonction des pays et parfois plusieurs numéros dans le même pays, la directive du 112 européen a obligé chaque pays à répondre au numero 112. Comme ça, plus qu'un seul numero à retenir pour toute l'Europe.