Publié dans Sciences et espace

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Folding@Home dépasse les 470 petaFLOPS

Folding@Home dépasse les 470 petaFLOPS

Depuis plusieurs semaines, l’équipe du projet a lancé un appel aux volontaires afin de contribuer à la recherche autour du coronavirus – le virus porte le nom de SARS-Cov-2, la maladie celui de Covid-19 – à mettre à disposition leur puissance de calcul.

L’appel a visiblement été entendu puisque la puissance totale de Folding@Home atteint désormais 473 pétaFLOPS. C’est largement plus que Summit, le supercalculateur le plus puissant actuellement disponible, qui peut atteindre jusqu’à 200 pétaFLOPS selon le classement de Top 500. À titre de comparaison, elle n’était que de 47 pétaFLOPS en décembre 2019 

Plus de 46 000 GPU AMD, 220 000 GPU NVIDIA et 2 970 000 cœurs CPU sont à pied d’œuvre dans la lutte contre Covid-19. Si l’aventure vous tente, vous pouvez également rejoindre la mini-team NXi en utilisant un pseudo du type « [Inpact]_Username ».

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Commentaires (38)


DoWnR Abonné
Le 24/03/2020 à 08h 42

D’un autre côté, c’est pas étonnant que ça dépasse Summit en puissance étant donné qu’il est lui-même actuellement utilisé en partie à cette fin (de même qu’un paquet d’autres supercalculateurs, en partie ou parfois même entièrement) .


Kazer2.0 Abonné
Le 24/03/2020 à 08h 47

Moi j’attends la prochaine vidéo de Linus (de Linus Tech Tips sur YouTube) pour mettre en place un serveur folding@home de récupération de données.



Car l’un des problèmes qu’ils ont actuellement c’est que tellement de gens ont rejoint pour le covid-19 que la plupart des clients n’arrivent pas à envoyer leurs résultats car le serveur de folding@home est surchargé.



Et comme j’ai déjà BOINC qui tourne avec le WorldCommunityGrid, ça n’a pas de sens que je fasse du calcul, par contre avec ma bande passante, ça a du sens d’aider pour la récupération / traitement des résultats.


Le 24/03/2020 à 09h 00

Dommage en tout cas que les jobs arrivent assez aléatoirement. Ce n’est pas faute d’avoir de la puissance disponible (ma RTX 2070 SUPER assure) mais surtout qu’elle se tourne les pouces. Je coupe souvent la machine car rien n’arrive…


darkjack Abonné
Le 24/03/2020 à 09h 02

Sus OSX, le client GUI arrive difficilement à se connecter.

Par contre en terminal, ça se lance; j’ai du mal à comprendre le pourquoi de cette différence de comportement.

Je n’ai pas trouvé comment limiter le nombre de cpu alloués par lancement en terminal.

Quelqu’un saurait comment faire?


Le 24/03/2020 à 09h 10

Déjà je te déconseille de lancer le truc sur un laptop à cause de la chauffe.



SInon c’est comme pour Linux (au moins Debian et *buntu) : le composant de contrôle ne s’installe pas et il faut éditer à la main le fichier config.xml puis redémarrer FAHClient.


darkjack Abonné
Le 24/03/2020 à 09h 29

Yes ça chauffe mon macmini :) pc qui n’est pas connu pour ses grandes capacités de dissipation thermique…

Merci, je regarde où est le fichier de conf.


Le 24/03/2020 à 09h 40

On met [Inpact]_Username comme nom et c’est tout ? Pas besoin de renseigner le team ?


Le 24/03/2020 à 09h 54

Une fois en possession du client, installez le et configurez votre identité comme ceci :

 Username : choisissez en un de la forme [Inpact]_Username pour être automatiquement intégré à la mini-team [Inpact] !

 Team Number : 51

Passkey : la passkey est facultative, mais son utilisation permet de bénéficier du bonus de points sur la rapidité de retour des résultats.

 Vous pouvez en générer une ici : https://apps.foldingathome.org/getpasskey


Paraplegix Abonné
Le 24/03/2020 à 10h 00

Je suis vachement curieux de voir leur vidéo aussi, mais je pense qu’elle sera plus dans le genre “regardez c’est cool ce qu’on peut faire” plus qu’un tuto pour mettre ça en place.



Je peux me tromper, mais de mémoire ils en avaient parlé pendant leur WAN show vendredi et ils disaient que les mecs de F@H était moyennement chaud et ce n’est pas quelque chose que n’importe qui peut faire.


Le 24/03/2020 à 10h 24

Salut c’est quoi la différence entre BOINC et FAH ?

J’ai installé BOINC et j’ai rejoins le projet Rosetta, est ce que c’est correct ou je devrais désinstaller pour rejoindre FAH ?

Je veux dire, est ce que c’est équivalent ou je calcule des trucs redondants dans mon coin ? <img data-src=" />


jaguar_fr Abonné
Le 24/03/2020 à 11h 00

c’est ce que je fais, CPUs sur Rosetta et GPU sur F@H, j’essaye de te trouver l’article;

De mémoire ils n’étudient pas tout à fait la même chose


jaguar_fr Abonné
Le 24/03/2020 à 11h 04

&nbsp;


jaguar_fr Abonné
Le 24/03/2020 à 11h 05

BOINC The Berkeley Open Infrastructure for Network Computing’s (BOINC) Rosetta@homeproject

needs your help to determine the 3-dimensional shapes of proteins in

research that may ultimately lead to finding cures for some major human

diseases. By running the Rosetta program on your computer while you

don’t need it you will help us speed up and extend our research in ways

we couldn’t possibly attempt without your help. Rosetta@Home Project’s Role in Fighting Coronavirus We

are happy to report that the Rosetta molecular modeling suite was

recently used to accurately predict the atomic-scale structure of an

important coronavirus protein weeks before it could be measured in the

lab. Knowledge gained from studying this viral protein is now being used

to guide the design of novel vaccines and antiviral drugs.

Importantly,

structural biologists are quickly gaining insights into what the

proteins that make up this virus look like and how they function. One

viral protein in particular — the spike protein — allows SARS-CoV-2 to

fuse its membrane with those on human cells, leading to infection. -Institute for Protein Design Read more about the Rosetta Project and the Coronavirus here. Folding@home Similar to BOINC, Stanford University’s Folding@home

is a distributed computing project for disease research that simulates

protein folding, computational drug design, and other types of molecular

dynamics. As of today, the project is using the idle resources of

personal computers owned by volunteers from all over the world.

Thousands of people contribute to the success of this project. F@H Takes Up The Fight Against COVID-19 2019-nCoV is a close cousin to SARS coronavirus (SARS-CoV),

and acts in a similar way. For both coronaviruses, the first step of

infection occurs in the lungs, when a protein on the surface of the

virus binds to a receptor protein on a lung cell. This viral protein is

called the spike protein, depicted in red in the image below, and the receptor is known as ACE2.

A therapeutic antibody is a type of protein that can block the viral

protein from binding to its receptor, therefore preventing the virus

from infecting the lung cell. A therapeutic antibody has already been

developed for SARS-CoV, but to develop therapeutic antibodies or small

molecules for 2019-nCoV, scientists need to better understand the

structure of the viral spike protein and how it binds to the human ACE2

receptor required for viral entry into human cells.


Le 24/03/2020 à 11h 16

Merci !


Le 24/03/2020 à 11h 17

La team 51 c’est l’Alliance Francophone.

ça veut dire que si je mets juste [Inpact]_mon pseudo, je peux, en restant dans l’Alliance, faire partie de la mini Team NXi??

Cool!!


Le 24/03/2020 à 11h 18







graveen a écrit :



Salut c’est quoi la différence entre BOINC et FAH ?

J’ai installé BOINC et j’ai rejoins le projet Rosetta, est ce que c’est correct ou je devrais désinstaller pour rejoindre FAH ?

Je veux dire, est ce que c’est équivalent ou je calcule des trucs redondants dans mon coin ? <img data-src=" />





BOINC est une plateforme qui regroupe des projets divers et variés. Cela peut être dans le domaine médical, mathématique, physique. Rosetta est un projet parmi d’autres de BOINC qui existe depuis plus d’une décennie. Son objectif est d’étudier la structure de diverses protéines pour pouvoir créer des traitements.



Folding@home est un projet similaire mais n’utilise pas BOINC pour des raisons techniques. Il me semble que c’est lié au découpage des unités de travail envoyés aux machines.

&nbsp;

Ce sont deux projets qui ont même objectif finalement mais ne sont pas gérés par les mêmes universités. Mais il est clair que Folding@home a une puissance de frappe bien plus importante que Rosetta.



Le 24/03/2020 à 11h 19

au début, les projets de F@H étaient distrubués sur BOINC, mais il y a eu des divergences techniques et du coup F@H a créé son client pour gérer ses projets.

C’est très con, mais comme on peut limiter l’utilisation sur BOINC, il suffit de bien répartir.

Moi je fais BOINC sur CPU, et F@H sur GPU.


Le 24/03/2020 à 11h 56

FAH existe depuis bien avant (octobre 2000) que BOINC ne soit crée … il y a eu des tentatives d’utilisation de BOINC, mais le ratio investissement en dev/nouveaux client potentiels a été jugé trop faible, surtout que FAH n’est que très peu compatible avec la mise en cache d’unités comme le fait BOINC.



Et oui, pour faire partie de la miniteam Inpact, il faut à la fois le préfixe dans son pseudo et le numéro d’équipe 51 de l’Alliance Francophone. Les stats internes de la mini team sont ici :https://www.folding.fr/stat/kana/folding/INpact.htm


Le 24/03/2020 à 13h 01

Unpopular opinion : C’est ce genre de délire qui à généré ce virus… Donc non je ne vais pas plier des saloperies pour réduire la durée de vie de mon matériel made in taiwan qui va finir à l’air libre dans une décharge en afrique / inde / chine sous feu de bois par des enfants pied nus pour récupérer un milligramme d’or.



C’est au moins aussi con que de faire des vidéos pour planter des saloperies d’arbres alors que le trafic et tout le matos derrière en coupera trois fois plus.



Marre de ceux qui essayent de faire du buzz avec cette merde de virus.



ps : J’en ai aussi un peu ma claque que nxi ne parle que de ça… T’allume la tv, la radio ou autre machin et tout le monde ne parle que de CA. C’est bon on à compris, on va pas sortir pendant deux mois et puis voila.


Patch Abonné
Le 24/03/2020 à 14h 43







fred2vienne a écrit :



La team 51 c’est l’Alliance Francophone.

ça veut dire que si je mets juste [Inpact]_mon pseudo, je peux, en restant dans l’Alliance, faire partie de la mini Team NXi??

Cool!!



Voilà <img data-src=" />

C’est d’ailleurs le cas de la plupart des personnes de la mini-team, si ce n’est pas toutes.



vexal Abonné
Le 24/03/2020 à 14h 59

Je n’arrive pas à trouver l’info mais vous avez l’air bien renseigné alors je tente :

Est-ce que F@H a obtenu quelque chose de concret depuis 2000 ? Je veux dire, c’est sympa d’avoir trouvé toutes les pliures possible d’une protéine mais est-ce que ça a résolu un problème, par exemple est-ce que des médicaments ont pu être trouvés grace à ça ?

A qui sont destiné les résultats ? à des laboratoires américains ou sont-ils disponibles en base ouverte ?

&nbsp;


Patch Abonné
Le 24/03/2020 à 15h 25







vexal a écrit :



Je n’arrive pas à trouver l’info mais vous avez l’air bien renseigné alors je tente :

Est-ce que F@H a obtenu quelque chose de concret depuis 2000 ? Je veux dire, c’est sympa d’avoir trouvé toutes les pliures possible d’une protéine mais est-ce que ça a résolu un problème, par exemple est-ce que des médicaments ont pu être trouvés grace à ça ?

A qui sont destiné les résultats ? à des laboratoires américains ou sont-ils disponibles en base ouverte ?



Ca a entre autres permis de trouver des candidats potentiels dans les médicaments pour soigner Alzheimer ou le cancer ou décimer des virus.

Les brevets sont reversés au domaine public (F@H est géré par une structure de l’université de Stanford), et les résultats sont accessibles aux chercheurs sur simple demande.



vexal Abonné
Le 24/03/2020 à 15h 34

Merci.

Depuis 20 ans, il n’y a rien d’autre que des candidats potentiels ? aucun n’a été validé ? il n’y a vraiment rien de concret ?


Patch Abonné
Le 24/03/2020 à 15h 53







vexal a écrit :



Merci.

Depuis 20 ans, il n’y a rien d’autre que des candidats potentiels ? aucun n’a été validé ? il n’y a vraiment rien de concret ?





C’est de la recherche fondamentale, pas appliquée. Le projet est là pour accélérer la création de la base, et ensuite, c’est aux chercheurs de voir si cela fonctionne ou pas dans les faits. D’ailleurs là ils ont trouvé 77 composés qui pourraient combattre le sars-cov-2. Maintenant c’est à la médecine de voir quels sont ceux réellement valables parmi ces 77.



Chre Abonné
Le 24/03/2020 à 16h 35







fred2vienne a écrit :



au début, les projets de F@H étaient distrubués sur BOINC, mais il y a eu des divergences techniques et du coup F@H a créé son client pour gérer ses projets.

C’est très con, mais comme on peut limiter l’utilisation sur BOINC, il suffit de bien répartir.

Moi je fais BOINC sur CPU, et F@H sur GPU.





Ah flûte, dommage, j’ai déjà BOINC qui tourne sur une machine, mais ça m’embête d’installer un 2ème client de calcul en grille sur la même machine. Tant pis, j’aide d’autres projets qui en ont bien besoin aussi :)



coco74 Abonné
Le 24/03/2020 à 17h 48

Je vois pas le souci de lancer ça sur un laptop, j’ai un matebook, je lance ça quand je fais rien sur le pc et mis à part le bruit j’ai aucun soucis.


Le 24/03/2020 à 18h 21







vexal a écrit :



Je n’arrive pas à trouver l’info mais vous avez l’air bien renseigné alors je tente :

Est-ce que F@H a obtenu quelque chose de concret depuis 2000 ? Je veux dire, c’est sympa d’avoir trouvé toutes les pliures possible d’une protéine mais est-ce que ça a résolu un problème, par exemple est-ce que des médicaments ont pu être trouvés grace à ça ?

A qui sont destiné les résultats ? à des laboratoires américains ou sont-ils disponibles en base ouverte ?

&nbsp;





Si tu t’ennuies en confinement et que tu as un bon niveau technique dans le domaine, bonne lecture : https://foldingathome.org/category/papers/



Le 24/03/2020 à 20h 09

de toute façon, Folding est dans les choux. Je ne reçois pas de projets à traiter depuis que je l’ai installé.

Comme dit plus haut, y’a tellement de monde pret à calculer que y’a pas assez de ressources pour distribuer.



Au moins sur BOINC, mon Rosetta calcule bien sur Covid19 plein pot.


Le 24/03/2020 à 20h 11

Merci amigo!!

&nbsp;

Et ça marche aussi sur BOINC?


Patch Abonné
Le 24/03/2020 à 20h 36







fred2vienne a écrit :



de toute façon, Folding est dans les choux. Je ne reçois pas de projets à traiter depuis que je l’ai installé.

Comme dit plus haut, y’a tellement de monde pret à calculer que y’a pas assez de ressources pour distribuer.



Au moins sur BOINC, mon Rosetta calcule bien sur Covid19 plein pot.



C’est le problème, le nombre de machines s’érodait avec le temps, et maintenant leurs serveurs ne suivent plus <img data-src=" />







fred2vienne a écrit :



Merci amigo!!



Et ça marche aussi sur BOINC?



Je présume. Mais j’en sais rien, je l’utilise pas <img data-src=" />



Le 25/03/2020 à 08h 24

La chauffe qui réduit la durée de vie de la machine.


Le 25/03/2020 à 08h 54







skankhunt42 a écrit :



ps : J’en ai aussi un peu ma claque que nxi ne parle que de ça… T’allume la tv, la radio ou autre machin et tout le monde ne parle que de CA. C’est bon on à compris, on va pas sortir pendant deux mois et puis voila.





Éteint ta télé, perso je n’allume la mienne que pour la VOD voir quelques films de vacances qu’ils me reste à regarder mais jamais de chaines “infos” ou équivalent, si je veux de l’anxiogène je monte sur ma balance <img data-src=" />.



D’ailleurs heureusement qu’il y a NXI pour m’avertir des modifications incessantes de l’attestation de sortie sinon j’en serait toujours à la 1ère <img data-src=" />



Kazer2.0 Abonné
Le 25/03/2020 à 08h 56

Pour Folding@home, je pourrais pas trop t’aider, je tourne avec BOINC et le WorldCommunityGrid project.



Et effectivement, je n’utiliserais pas ça sur un laptop, plutôt sur une tour où l’élément refroidissement est plus efficace.


coco74 Abonné
Le 25/03/2020 à 09h 08

Je demande à voir, si la chauffe est contrôlée… Par ce que bon, acheter un PC pour avoir peur de l’utiliser à pleine puissance, c’est pas fou… C’est pas un mac non plus :p


Le 25/03/2020 à 09h 15

C’est sûr, mais les machines de bureau ont une meilleure capacité de refroidissement. C’est encore plus vrai si tu utilises ton GPU.


ashlol Abonné
Le 25/03/2020 à 15h 51

Pour F@H : Petit résumé de la situation avec la dernière communication officielle (qui date d’hier) :









  • Nous sommes au courant de la pénurie de WUs.

  • Ceci arrive car il y a une augmentation d’environ x20 de la demande de WUs.

  • Nous travaillons dessus et nous espérons avoir une solution très bientôt.

  • Laissez vos machine tourner, elle finiront par plier seules.

  • A chaque fois que nous doublons notre capacité, le nombre de volontaires souhaitant participer augmente d’un facteur 4, dépassant tout ce que nous faisons.




Paraplegix Abonné
Le 28/03/2020 à 20h 02

J’ajoute qu’un (ou plusieurs) serveur de validation (et envoi?) de WU sera déployé ce week-end par la chaine YouTube Linus Tech Tips dans leur bâtiment et ils comptent mettre à disposition un débit de 5gbps dédiè à ce serveur, au moins pendant le temps de la crise du coronavirus. Il y a des chances que ça aille un peu mieux pour recevoir des WU à partir de lundi :)


Le 30/03/2020 à 08h 39

Folding fait ressortir les anciens ^^



Malheureusement je ne vais pas faire endurer ça à mon macbook air…