odoc a écrit :



euh non ;) mais on ne parle pas de résolution en RMN, mais de modèle à partir de donnée.

La limite en bio de la RMN pour la structure c’est en gros 300 acides aminés (j’ai fait un complexe à 230 pour ma part).

Mais la RMN permet d’avoir nettement plus d’info que la cristallo ou meme la cryo. Par exemple meme avec des très gros complexe on peut identifier si 2 protéines interagissent ensemble et localiser la partie impliquée.





 

Sauf si tu t’appelle Lewis Kay, où tu as le droit d’aller jusqu’à 670 kDa voire 1 MDa. 

Bon comme dans tout bon tour de magie, il y a un truc.

Son complexe est constitué de 2 sous-unité pour donner un complexe a7b7b7a7 " />

 

OlivierJ a écrit :



Je crois comprendre mon incompréhension initiale.



Je parlais du point de vue imagerie médicale (IRM), qui détecte

essentiellement les protons des atomes d’hydrogène (surtout l’eau si

j’ai bien compris), où la résolution est de l’ordre du mm je crois, en

tous cas pas du micromètre (et de loin) et encore moins du nanomètre.

Dans votre histoire il s’agit de l’étude du spectre des molécules étudiées pour en déduire leur composition, c’est ça ?





On connait déjà la composition de la protéine. En fait on va mesurer des couplage entre les protons de la protéine (les NOE) et comme l’intensité du couplage dépend de la distance, c’est comme si on mesurait une distance entre deux hydrogènes de la protéine. On va utiliser ces distance pour calculer la structure.



 



 

Pour le profane, quelle est cette unité dont tu parles, le Da ?



Le Dalton, c’est le nom en biochimie de l’unité de masse (1 atome d’hydrogène fait à peu près 1 dalton).

On mesure le poids des protéines en dalton.

1 acide aminé fait à peu près 110 Dalton. (c’est en moyenne car tous les acides aminés n’ont pas la même formule et donc la même masse)



Moi j’ai travaillé sur une protéine de 31 KDa qui faisait 300 acides aminés et une autre de 14 KDa qui en faisait 140. La limite de taille en RMN classique, c’est vers 30 - 40 kDa. Après il faut utiliser des technique spéciales (TROSY, triple marquage 15N-13C-2H)



 



On utilise quel genre d’équipement pour ça ? Je suppose qu’il ne s’agit pas des énormes machines coûteuses avec 1500 l d’Hélium comme en imagerie médicale ?



On utilise des spectromètre RMN à haut champ. Plus le champ est haut, meilleure est la résolution des spectres enregistrés. On utilise des champ de 500 - 600 - 700 ou 800 MHz. Les plus haut champs font actuellement 1 GHz (Ça parait un peu bizarre au début mais pour la mesure du champ, on donne la fréquence du proton en Hz dans le champ. Un spectromètre 900 MHz correspond à 21.2 Tesla. Pour l’IRM médicale, on utilise actuellement des champs de 3 Tesla en pratique courante, voir 7 à 11 Tesla dans des centres de recherche.)

odoc a écrit :



Pour info cette technique est à 2 doigts de mettre les cristallographes au chomage vu qu’on commence à arriver sur des résolutions du même ordre de grandeur. Sur des complexes protéiques impossibles à cristalliser c’est une avancer incroyable.





C’est vrai que la résolution des cartes s’améliore mais ça reste quand même inférieur à la cristallographieclassique.



En plus, les cristallographes n’ont pas dit leur dernier mot avec le XFEL.

Cette technique a permis de résoudre des structures de protéine membranaire

ne formant que des microcristaux. Et certains espèrent qu’à terme, elle

permettra de faire des structures à partir d’une seule protéine et

d’étudier la dynamique des protéines.



De toute façon la RMN vaincra ! " />