Le projet est né le 31 mars 1998, quand le code source du navigateur Netscape a été ouvert à tout un chacun.

Le « 31/3 », ce code avait été nettoyé de toute trace propriétaire et une nouvelle licence avait été créée pour l'occasion, la Mozilla Public Licence (MPL), reconnue open source par l'OSI. Une première version du site Mozilla.org était également lancée, aujourd'hui consultable depuis WebArchive.

Difficile bien sûr d'imaginer le chemin que parcourrait cette entité, qui deviendrait fondation et accoucherait quelques années plus tard du projet Phoenix, devenant Firefox. Un succès foudroyant pour un navigateur très attendu et ayant joué un rôle profond dans la transformation du web, qui stagnait à cause d'un Internet Explorer presque figé. Microsoft ne s'en est d'ailleurs jamais remis.

Bien que la situation ait bien changé depuis (notamment à cause d'un Chrome omniprésent), la mission de la fondation n'a guère changé, et son poids reste important. Actuellement, Firefox vit d'ailleurs une grande transition technologique, avec un remaniement presque complet de ses fondations et l'arrivée de nombreuses fonctionnalités.